| 1. | 2019-Atual. CYANO-338 an integrative joining efforts to sequence genomes of cyanobacteria Descrição: This project is a global initiative to sequence the genomes of type genera and species of cyanobacteria. Genome sequences are the most detailed record of living organisms, which can be used to infer evolutionary relationships for classification and functional potential. Genome sequencing has never been more accessible, and less than 10% (30/368) of cyanobacterial type species have been sequenced to date. The aspirational goal is establish a roadmap to systematize cyanobacterial nomenclature using genome type material and phylogeny. One of Genomic Encyclopedia of Bacteria and Archaea (GEBA) projects at DOE-JGI seeks to expand our understanding of life by sequencing the genomes of the type strains of diverse prokaryotes. Recently, these projects were extended to GEBA VI to include functional genomics. The proposed studies will systematically investigate genome function by a combination of genomics to determine gene content, transcriptomics to elucidate gene expression, exometabolomics to examine metabolite profiles, and pangenomics to identify the core genome and evolutionary processes of individual species.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marli de Fátima Fiore - Integrante / Annick Wilmotte - Integrante / Ana Paula Dini Andreote - Integrante / Jan MARE? - Integrante / Simone Raposo Cotta - Integrante / Endrews Delbaje - Integrante / Diego Mauricio Riaño-Pachón - Integrante / Philip Hugenholtz - Coordenador / Rochelle Soo - Integrante / Muriel Gugger - Integrante / Aharon Oren - Integrante / Tomas Hauer - Integrante / Conrad Schoch - Integrante. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1D. |
| 2. | 2019-Atual. Transformações cianobacterianas no catabolismo do metilfosfonato e sua importância na emissão de metano Descrição: A preocupação com o aumento crescente dos níveis de gases de efeito estufa, como o metano, na atmosfera exige uma constante reavaliação das fontes desses gases. O metano biogênico tem sido amplamente considerado um produto da metanogênese das arquéias, um processo anaeróbico que é inibido ou desfavorecido pela presença de oxigênio e sulfato. Uma nova e pouco estudada rota de produção aeróbia de metano é a desmetilação do metilfosfonato (MPn), uma substância de fósforo reduzido de um carbono simples com uma ligação C-P (fosfonato) quimicamente estável. Diversas bactérias heterotróficas e cianobactérias codificam em seus genomas a via liase C-P, um complexo multienzimático que media a degradação de fosfonatos. Sob estresse de fósforo, esses microrganismos usam a via liase C-P para clivar a ligação C-P do metilfosfonato (MPn), liberando metano e sequestrando o fósforo na forma de fosfato. Considerando que algumas cianobactérias são formadoras de florações nos mais diversos ambientes aquáticos e um aumento deste fenômeno tem sido observado devido ao aquecimento global, avaliar a produção de metano por estes microrganismos torna-se fundamental para conhecer esta fonte de metano tão pouco explorada. Dessa forma, o objetivo geral deste projeto é gerar conhecimento sobre a contribuição das cianobactérias formadoras de florações na emissão de metano para a atmosfera usando abordagens moleculares e químicas. Para isto, o projeto foi estruturado em quatro eixos de pesquisa: (1) sequenciamento gênomico de isolados brasileiros de cianobactérias formadoras de florações; (2) identificação e caracterização de genes envolvidos na degradação de fosfonatos em genomas cianobacterianos; (3) medição da emissão de metano por isolados cianobacterianos formadores de florações em bioensaios in vitro com diferentes fontes de P; (4) medição da emissão de metano in situ em florações cianobacterianas. A tecnologia de sequenciamento de nova geração (Next Generation Sequencing-NGS), ou seja, a plataforma Illumina HiSeq do Centro de Genômica Funcional Aplicada à Agropecuária e à Agroenergia, da ESALQ/USP, em Piracicaba-SP, será usada para gerar os genomas cianobacterianos. As abordagens de bioinformática nos genomas sequenciados permitirá acessar o potencial de processos metanogênicos aeróbios realizados pelas cianobactérias. As análises químicas para a medição da concentração de metano produzida pelas cianobactérias será determinada por cromatografia gasosa no laboratório de Ecologia Isotópica do CENA/USP, em Piracicaba-SP.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (3) . Integrantes: Marli de Fátima Fiore - Coordenador / Ernani Pinto Junior - Integrante / Kaarina Sivonen - Integrante / Alessandro de Mello Varani - Integrante / Plinio Barbosa Camargo - Integrante / Diego Mauricio Riaño Pachón - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1D. |
| 1. | 2017-Atual. MUDANÇAS CLIMÁTICAS E IMPACTOS AMBIENTAIS EM ÁREAS ALAGADAS (WETLANDS) DO PANTANAL (BRASIL): QUANTIFICAÇÃO, FATORES DE CONTROLE E PREVISÃO EM LONGO PRAZO Descrição: As áreas alagadas (wetlands) têm papel fundamental no controle de fatores que podem influenciar ou serem influenciados por mudanças climáticas e ambientais O projeto apresentado será desenvolvido na Nhecolândia (MS), região caracterizada por um sistema de lagoas cujas águas variam de doce a hipersalina. Trata-se de uma pesquisa multi e interdisciplinar cujo desafio científico é elucidar o funcionamento geoquímico e biogeoquímico dessa região, transferir os conhecimentos adquiridos para a elaboração de balanços regionais dos fluxos de gases de efeito estufa (GEE), e compreender os processos de disponibilização do arsênio (As) para as águas, considerando a influência de fatores ambientais, em particular, das mudanças climáticas. O projeto está estruturado em quatro ações cujos objetivos específicos são : (i) identificar os processos que controlam os funcionamentos biogeoquímicos das lagoas e avaliar suas consequências nos ciclos do C e do N, nas emissões de GEE e na distribuição e especiação do As na paisagem ; (ii) verificar a evolução dos solos ao redor das lagoas, para compreender o funcionamento do sistema solo-água; (iii) desenvolver um modelo numérico do funcionamento hidrológico e hidroquímico das lagoas, para predizer a evolução do sistema face aos estresses ambientais ; (iv) verificar o potencial de utilização dos dados de sensoriamento remoto para identificar feições espectrais e topográficas que permitam associar as variáveis que poderiam estar relacionadas as emissões de GEE e sua extrapolação para a escala regional. Os resultados obtidos poderão fornecer subsídios científicos para elaboração de políticas públicas para o gerenciamento sustentável do Pantanal.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: Marli de Fátima Fiore - Integrante / Plínio Barbosa de Camargo - Integrante / Laurent Barbiero - Integrante / Ary Tavares Rezende-Filho - Integrante / Hugo Miguel Preto de Morais Sarmento - Integrante / Adolpho José Melfi - Coordenador / Celia Regina Montes - Integrante / Débora Marcondes Bastos Pereira - Integrante / Anne Helene Fostier - Integrante / Janaina Braga do Carmo - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1D. |
| 1. | 2014-2018. Biodiversity of cyanobacteria and their bioactive compounds from under-explored Brazilian habitats Descrição: Cyanobacteria are interesting ancient diverse organisms with a great future in biotechnology. They produce a large number of biomedically interesting bioactive compounds as well as have good prospects in bioenergy field. In this project, we will investigate molecular and cultivable cyanobacterial biodiversity from diverse habitats in Brazil. We will isolate strains to form a biobank and utilize cyanobacterial strains to screen and identify new bioactive compounds, their biosynthetic genes and enzymes. The Brazilian and Finnish teams have complementary expertise and will join forces to reveal cyanobacterial, bioactive compound and biosynthetic gene diversity in the state of São Paulo. The outcomes of the project will be taxonomically new cyanobacteria, information on the biodiversity of cyanobacteria from diverse environments, novel bioactive compounds for drug leads and cell reagents, new biosynthetic pathways and novel enzymes, database products of LC-MS fragmentation patters of the compounds, which can be used to exclude the known compounds and focus novelty in the future research. The biobank of cyanobacteria is a natural resource which could be utilized for the benefit of the country for years to come. One of the major ecosystem services provided by the cyanobacteria is the production of new bioactive compounds, drug leads for combatting serious human diseases. We will map the environments likely to yield to highest diversity of cyanobacteria and their metabolites for benefit of future targeted searches for novel natural products.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (4) / Doutorado: (5) . Integrantes: Marli de Fátima Fiore - Coordenador / Augusto Etchegaray - Integrante / David P. Fewer - Integrante / Jouni Jokela - Integrante / Kaarina Sivonen - Integrante / Ernani Pinto - Integrante / Alessandro de Mello Varani - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Academy of Finland - Auxílio financeiro. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1D. |
| 1. | 2013-2016. Diversidade de Cianobactérias em lagoas salino-alcalinas do Pantanal Mato-grossense (MS), região da Nhecolândia Descrição: O Pantanal brasileiro caracteriza-se por ser a maior área alagada do planeta, ocupando aproximadamente 2 x 105 km². A sub-região da Nhecolândia (Pantanal da Nhecolânida) se estende por 24.000 km², sendo caracterizada pela ocorrência de doze mil (12.000) a dezessete mil e quinhentas (17.500) lagoas rasas, as quais coexistem em proximidade. Destas, aproximadamente quinhentas apresentam altos valores de salinidade e de pH, sendo conhecidas como salinas. Nestas lagoas a salinidade aumenta drasticamente durante a estação de seca e nesse período frequentemente se observam florações de cianobactérias e microalgas. As cianobactérias são micro-organismos fotossintéticos oxigênicos, as quais pertencem ao domínio Bacteria e com ampla distribuição em diversos biomas. Estudos realizados no Setor de Ecologia Molecular de Cianobactérias ? Lab. Biologia Celular e Molecular (CENA/USP), com linhagens isoladas de vários ecossistemas brasileiros, têm demostrado a grande diversidade taxonômica deste grupo, inclusive com a descrição de novos taxa. Além disso, as cianobactérias isoladas apresentam amplo potencial metabólico no que tange a produção de toxinas e outras moléculas bioativas. Por fim, alguns grupos de cianobactérias são capazes de realizar o processo de fixação biológica do nitrogênio (FBN), tornando-os alvo para estudos de biogeoquímica e bioprocessos. No entanto, não há registro na literatura de estudos que contemplem a caracterização filogenética e análise do potencial biotecnológico de linhagens isoladas de salinas do Pantanal sul mato-grossense, bem como o acesso à diversidade deste grupo e de genes envolvidos no metabolismo de nitrogênio utilizando técnicas moleculares independentes de cultivo. Neste contexto, esse projeto tem como objetivos (i) estudar a comunidade de cianobactérias na sub-região do Pantanal da Nhecolândia, por meio de isolamento em meios específicos, caracterizando as linhagens isoladas quanto a sua morfologia e filogenia; (ii) avaliar o potencial antimicrobiano de extratos orgânicos obtidos a partir das linhagens isoladas; (iii) acessar a diversidade de cianobactérias por meio de técnicas independentes de cultivo, utilizando sequenciamento massivo (pirosequenciamento) e PCR quantitativo (qPCR) do gene rDNA 16S; e (iv) analisar a presença de genes envolvidos no metabolismo do nitrogênio, em especial, relacionados à FBN.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (3) . Integrantes: Marli de Fátima Fiore - Coordenador / Diego Bonaldo Genuário - Integrante / Fernando Dini Andreote - Integrante / Marcelo Gomes Marçal Vieira Vaz - Integrante / Ana Paula Dini Andreote - Integrante / Laurent Barbiero - Integrante / Sonia Maria Furian - Integrante / Gabriela Machineski da Silva - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1D. |
| 1. | 2011-2013. Cooperação Internacional - Convênios Bilaterais: CNPq (Brasil)/FNRS (Bélgica) Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (3) . Integrantes: Marli de Fátima Fiore - Coordenador / Rosane M. Aguiar - Integrante / Adriana Sturion Lorenzi - Integrante / Célia Leite Sant'Anna - Integrante / Maria Estela Silva-Stenico - Integrante / Célia Leite Sant'Anna - Integrante / Annick Wilmotte - Integrante / Carlos Ernesto Gonçalves Reynaud Schaefer Schaefer - Integrante / Zorigto Namsaraev - Integrante / Míriam Albuquerque - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1D. |
| 2. | 2011-2015. Environmental Characterization and Evaluation of Biogenic Ocean Resources from Brazilian Continental Shelf and Adjacent Oceanic Zone - CARBOM Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: Marli de Fátima Fiore - Integrante / Vivian Helena Pellizari - Integrante / Janaina Rigonato - Integrante / Maria Paula Cruz Schneider - Integrante / Artur Luiz da Costa da Silva - Integrante / Caroline Hoff-Risseti - Integrante / Frederico Pereira Brandini - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1D. |
| 3. | 2011-2013. Sequenciamento do genoma da cianobactéria Microcystis aeruginosa SPC777 Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (6) . Integrantes: Marli de Fátima Fiore - Coordenador / Siu Mui Tsai - Integrante / Fernando Dini Andreote - Integrante / Janaina Rigonato - Integrante / Cláudia Barros Monteiro Vitorello - Integrante / Maria Paula Cruz Schneider - Integrante / Artur Luiz da Costa da Silva - Integrante / Evonnildo Costa Gonçalves - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1D. |
| 1. | 2010-2012. Cianobactérias e cianotoxinas em reservatórios de água de abastecimento público Descrição: O impacto antrópico nos ecossistemas aquáticos tem sido um grande fator de risco para a saúde humana. A conseqüência disso é a ocorrência do processo de eutrofização, o qual causa enriquecimento desses ecossistemas pelo aumento das concentrações de nutrientes na água, provenientes de descargas de esgotos domésticos e industriais dos centros urbanos e de agricultura. Essas mudanças na qualidade da água ocasionam florações de microalgas e cianobactérias. A principal preocupação com o aumento da ocorrência de florações de cianobactérias em mananciais de abastecimento de água é a capacidade desses micro-organismos produzirem e liberarem para o meio líquido toxinas (cianotoxinas) que podem afetar a saúde humana, tanto pela ingestão de água como por contato em atividades de recreação no ambiente, ou ainda pelo consumo de pescado contaminado. Entretanto, a principal via de intoxicação é pelo consumo oral da água sem um tratamento adequado para remoção dessas toxinas. As cianotoxinas podem ser classificadas em categorias de acordo com seu efeito biológico em sistemas e órgãos que são mais afetados. O monitoramento de cianobactérias em águas usadas para o abastecimento público foi considerado uma das áreas prioritárias pela Organização Mundial da Saúde, a qual estipulou que a concentração máxima tolerável de microcistinas em água potável é de 1,0 g L-1. No Brasil, esse mesmo valor em água potável foi estabelecido através da Portaria 518/2004 (substituiu a 1469/2000) do Ministério da Saúde. Valores toleráveis para as outras cianotoxinas ainda estão sendo discutidos. Existe, portanto, uma necessidade urgente por parte dos órgãos responsáveis pelo gerenciamento da qualidade de água destinada ao consumo humano de predizer a formação de florações tóxicas e monitorar seu desenvolvimento. Neste estudo, pretende-se monitorar a ocorrências destas florações em vários reservatórios de provisão de água e avaliar a presença de microcistinas e outros cianopeptídeos. Para isso, ser. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: Marli de Fátima Fiore - Coordenador / Adriana Sturion Lorenzi - Integrante / Janaina Rigonato - Integrante / Simone Possedente de Lira - Integrante / Maria Estela Stenico - Integrante / William H. Gerwick - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1D. |
| 2. | 2010-2013. Genes biossintéticos e produtos naturais bioativos de cianobactérias da Amazônia: Fronteiras em biotecnologia Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marli de Fátima Fiore - Integrante / Maria Paula Cruz Schneider - Coordenador / Artur Luiz da Costa da Silva - Integrante / Evonnildo Costa Gonçalves - Integrante / Carlos Ricardo Soccol - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1D. |
| 1. | 2009-2013. Diversidade microbiana na filosfera e solo da Mata Atlântica Descrição: Em trabalhos anteriores desenvolvidos em nosso laboratório foi observado que diferentes espécies vegetais selecionam comunidades bacterianas distintas, e que cada espécie vegetal pode abrigar um número apreciável de espécies bacterianas desconhecidas na filosfera. Nossa estimativa é de que a Mata Atlântica possa conter entre 2 e 13 milhões de novas espécies bacterianas somente na filosfera. Em outro trabalho desenvolvido em uma parcela permanente de 10 ha no Parque Estadual de Carlos Botelho foi observado que as estruturas das comunidades bacterianas da filosfera de plantas mais próximas filogeneticamente são mais similares entre si do que as estruturas das comunidades de plantas mais distantes filogeneticamente. Outro dado interessante é que, mesmo considerando‐se a variabilidade espacial da estrutura das comunidades de bactérias da filosfera de plantas da mesma espécie localizadas em diferentes posições geográficas na parcela permanente, essa variação é menor do que aquela observada entre indivíduos de espécies diferentes. Esses dados sugerem que as populações bacterianas na filosfera são selecionadas pela espécie vegetal, e que cada espécie vegetal possui uma comunidade bacteriana única na filosfera. A análise das comunidades bacterianas associadas à casca das mesmas espécies arbóreas revelou menor riqueza de espécies, com dominância de poucos gêneros, quando comparado à filosfera, e uma estrutura de comunidade igualmente determinada pela espécie vegetal. Já, o solo sob a copa das árvores amostradas apresentou comunidades bacterianas com maior riqueza de espécies, em relação à filosfera e casca, mas menor variabilidade espacial na floresta e menor dependência em relação à espécie vegetal sob a copa da qual a amostra foi coletada. No geral, esses dados apontam para um novo paradigma na ecologia microbiana: a diversidade microbiana associada às superfícies das plantas pode ser tão elevada quanto aquela observada no solo, considerado o ambiente com maior diver. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Marli de Fátima Fiore - Integrante / Márcio R Lambais - Coordenador / Eder da Costa dos Santos - Integrante / Lucas Carvalho Basilio de Azevedo - Integrante / David Crowley - Integrante / Ludwig Pfenning - Integrante / Ari Jumponnen - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1D. |
| 2. | 2009-2012. Produtos naturais bioativos de cianobactérias para aplicação biotecnológica Descrição: As cianobactérias são micro-organismos fotossintéticos oxigênicos pertencentes ao domínio Bacteria com distribuição cosmopolita na Terra. Estudos preliminares realizados no Laboratório de Ecologia Molecular de Cianobactérias (CENA/USP), com espécies isoladas de regiões brasileiras, demonstraram a grande diversidade metabólica das cianobactérias para produção de cianopeptídeos sintetizados pela via não ribossômica. A biossíntese microbiana de peptídeos não-ribossômicos é catalisada por enzimas denominadas policetídeo sintase (PKS) e peptídeo sintetase não-ribossômica (NRPS), cujas seqüências gênicas são conhecidas. O objetivo desse estudo é a bioprospecção de cianopeptídeos, tendo como alvo a aplicação biotecnológica. Para isso, propõe-se detectar, purificar e identificar os metabólitos secundários produzidos pelas cianobactérias e estudar suas atividades biológicas. Será utilizada a técnica da PCR e sequenciamento para detectar e identificar genes envolvidos na biossíntese de NRPSs e PKSs, a qual indicará linhagens potencialmente produtoras de toxinas ou drogas úteis. Considerando que há poucos estudos sobre o potencial citotóxico e genotóxico dos cianopeptídeos, serão conduzidos experimentos complementares para avaliar seus possíveis efeitos biológicos, tais como ação anti-mutagênica, indução de apoptose e inibição de proteases. Os cianopeptídeos serão purificados e identificados usando-se técnicas avançadas, tais como LC-MS, Q-TOF e FTICR-MS. Cianopeptídeos ainda não descritos na literatura serão elucidados pela análise de dados espectroscópicos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (3) . Integrantes: Marli de Fátima Fiore - Coordenador / Simone Possedente de Lira - Integrante / Marcos Nogueira Eberlin - Integrante / Roberto Gomes de Souza Berlinck - Integrante / Mário Sérgio Mantovani - Integrante / Maria Estela Stenico - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1D. |
| 1. | 2008-2010. Implementação da técnica de qRT-PCR para monitoramento de cianobactérias e microcistinas em reservatórios de água Descrição: Métodos rápidos e sensíveis para a detecção das cianobactérias e suas toxinas em estações de abastecimento de água e em programas de monitoramento de mananciais são de fundamental interesse para a prevenção dos efeitos adversos causados por estas toxinas na saúde humana e animal. Atualmente, a identificação e contagem de células de cianobactérias por microscopia ótica e análises químicas ou imunológicas das toxinas são usadas em monitoramentos. Entretanto, recentemente, métodos moleculares estão sendo desenvolvidos e propostos para o diagnóstico rápido e sensível da presença de cianobactérias tóxicas. Este projeto objetiva detectar e quantificar cianobactérias e a produção de microcistinas por suas células usando a técnica de PCR Quantitativo em Tempo Real (qRT-PCR). Para isso, serão desenvolvidos oligonucleotídeos específicos tendo como alvo a região cpcBA-IGS do operon da ficocianina e os genes mcyA, mcyD ou mcyE, os quais encontram-se envolvidos na biossíntese de microcistinas. A padronização da metodologia será feita usando cianobactérias isoladas, mantidas na coleção de culturas do CENA/USP e a especificidade dos iniciadores será verificada após análise BLAST, usando seqüências previamente depositadas em banco de dados público. Os resultados da quantificação das cianobactérias serão confirmados a partir da contagem de suas células, seguindo a técnica de contagem de Utermöhl. Posteriormente, essa metodologia será aplicada em amostras ambientais de água que serão coletadas no reservatório de Salto Grande, Americana, SP, conhecido por apresentar florações tóxicas de cianobactérias. A detecção das microcistinas será feita por meio de ELISA (Enzyme-Linked Immunosorbent Assay) e Q-TOF (Quadrupole Time-of-Flight Mass Spectrometry).. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Marli de Fátima Fiore - Coordenador / Adriana Sturion Lorenzi - Integrante / Maria Estela Silva-Stenico - Integrante / Jeanne Blanco de Molfetta Machado - Integrante / Moraes, Luiz Alberto Beraldo - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1D. |
| 2. | 2008-2012. Manejo sustentável, conservação da biodiversidade e produção agrícola em solos tropicais degradados: uma cooperação acadêmico-científica entre os programas de PG do CENA/USP-SP, UFMT-MT e INPA-AM Descrição: Este projeto tem como proposta, desenvolver estudos dos processos microbiológicos e bioquímicos envolvidos na ciclagem dos nutrientes nos solos tropicais, tendo como modelo a Terra Preta Antropogênica, e doentendimento das ações antropogênicas que minimizam o efeito dos fatores ambientais e bióticos. A determinação, por exemplo, da ação do carvão pirogênico utilizado pelo ameríndio para produção agrícola seria um aspecto importante nestes estudos. Essas ações, ainda não totalmente elucidadas, poderiam ser essenciais tanto para a definição de estratégias para preservação de biomassa vegetal quanto para o desenvolvimento de indicadores das alterações ambientais associadas a distúrbios, como a presença de poluentes ou a utilização não sustentável de solos agrícolas. Além disso, o conhecimento dos recursos genéticos da vegetação local e da microbiota dos solos pode contribuir para o entendimento e monitoramento de fatores abióticos e bióticos que influenciam a sustentabilidade da produção agrícola nesses ambientes. Ao mesmo tempo, estudos visando ao desenvolvimento agrícola nessas regiões (AM e MT), através da geração de tecnologia que permita o uso sustentado desses solos tropicais para fins agrícolas, deverá também proporcionar diretrizes para a condução adequada da produção agrícola sob as limitações prevalentes das regiões. Assim, essa proposta tem como objetivo enfocar o solo como componente do sistema de produção e da sociedade, manejando-o de forma integrada e harmônica com os demais fatores de produção. As pesquisas são realizadas predominantemente em solos tropicais ácidos da Amazônia (terra firme e várzea) e do cerrado (MT), desenvolvendo-se trabalhos nas áreas de microbiologia, bioquímica, fertilidade dos solos e nutrição de plantas, de forma a permitir um melhor planejamento e aptidão agrícola das terras, sob cultivo de culturas anuais e bianuais, e sob os sistemas agro-florestais. As atividades de cooperação científica serão através de treinamento formal de. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: Marli de Fátima Fiore - Integrante / Siu Mui Tsai - Coordenador / Marisa de Cassia Piccolo - Integrante / Takashi Muraoka - Integrante / Luiz Antonio de Oliveira - Integrante / Walcilene Scaramuzza - Integrante / Maria de Fátima Loureiro - Integrante / Charles Roland Clement - Integrante / Newton Paulo de Souza Falcão - Integrante / Sâmia Lúcia Camargos - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1D. |
| 1. | 2007-2009. Cianobactérias e cianotoxinas: um estudo para a melhoria do seu monitoramento e uso biotecnológico Descrição: São os seguintes os objetivos do presente projeto: a)Estudo químicos das cianotoxinas de cepas selecionadas. c) Estudos toxicológicos das cepas de cianobactérias. d) Identificação morfológica e molecular de cepas tóxicas de cianobactérias. e) Determinação das melhores condições de cultivo de cepas tóxicas, para fins biotecnológicos. f) Produção de padrões de cianotoxinas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Marli de Fátima Fiore - Integrante / Célia Leite Sant'Anna - Coordenador / Maria Teresa de Paiva Azevedo - Integrante / Maria Estela Silva Stenico - Integrante / Luciana Retz de Carvalho - Integrante / Fernanda Calheta Vieira Portaro - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1D. |
| 2. | 2007-2009. Cianobactérias: diversidade em manguezais e a biossíntese de produtos naturais Descrição: RESUMO. Este projeto de pesquisa tem como objetivo isolar e caracterizar molecularmente linhagens de cianobactérias de regiões de manguezais por meio do sequenciamento do gene de RNAr 16S, o qual tem sido utilizado para diferenciar geneticamente os microrganismos pertencentes ao domínio Bacteria. As seqüências obtidas serão comparadas pela análise BLAST (NCBI) e a distância evolutiva entre os nucleotídeos das linhagens sequenciadas serão analisadas por meio da construção de árvore filogenética. Por meio da amplificação por PCR de seqüências gênicas das enzimas sintetase de peptídeo não-ribossômico (NRPS) e sintase de policetídeo (PKS) espera-se identificar entre as linhagens caracterizadas molecularmente àquelas potencialmente produtoras de compostos naturais bioquimicamente ativos (cianopeptídeos). Essas enzimas são conhecidas por estarem envolvidas na biossíntese de toxinas e antibióticos. A detecção desses genes de peptídeos não ribossômicos será realizada utilizando oligonucleotídeos iniciadores degenerados tendo como alvo seqüências conservadas das enzimas NRPS e PKS. Os produtos de PCR obtidos para essas enzimas deverão ser sequenciados. Essas seqüências também serão comparadas pela análise BLAST e suas relações evolutivas verificadas pela construção de árvore filogenética. Os cianopeptídeos produzidos pelas linhagens que apresentarem genes de NRPS e PKS serão extraídos utilizando vários solventes. Os constituintes químicos dos extratos celulares obtidos serão analisados por Q-TOF-MS (Quadrupole Time-of-Flight Mass Spectrometry) e HPLC (High Performance Liquid Chromatography). A atividade inibitória desses compostos químicos será testada contra bactérias e fungos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (2) . Integrantes: Marli de Fátima Fiore - Coordenador / Augusto Etchegaray - Integrante / Luiz Alberto Beraldo de Moraes - Integrante / Maria Estela Silva-Stenico - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 1 Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1D. |
| 3. | 2007-2009. PROANTAR-International Polar Year -Microbiological and Ecological Responses to Global Environmental Changes in Polar Regions Descrição: Estudar a microbiota da Região da Antártica marinha e em alguns casos do continente, com vistas a ampliar o conhecimento sobre a diversidade microbiana endêmica e sua biogeografia para: - estabelecer novos grupos de procariontes e eucariontes de regiões polares / ambientes extremos; - propor modelos e processos ecológicos temporais mediados por procariontes e relacionados ou não a impactos ambientais; - analisar grupos procariontes (diversidade funcional) responsáveis por mecanismos de transformação de compostos; - caracterizar grupos procariontes com estreita interação simbiôntica com organismos superiores; - caracterizar novos grupos de vírus relacionados com organismos superiores de importância Zoonótica; -identificar grupos procariontes e eucariontes com potencial valor para inovação de processos em Biotecnologia e Bioprospeção. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (1) . Integrantes: Marli de Fátima Fiore - Integrante / Itamar Soares de Mello - Integrante / Alexandre Soares Rosado - Integrante / Vivian Helena Pellizari - Coordenador / Valéria Maia de Oliveira - Integrante / Lara Duran Sette - Integrante / Leandro Helgueira de Andrade - Integrante / Luiz Henrique Rosa - Integrante / Ulysses Garcia Casado Lins - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1D. |
| 1. | 2006-2008. Caracterização molecular de cianobactérias brasileiras e seleção de linhagens produtoras de peptídeos não ribossômicos Descrição: Este projeto de pesquisa tem como objetivo caracterizar molecularmente linhagens de cianobactérias isoladas de regiões brasileiras por meio do sequenciamento de uma região do operon da ficocianina a qual tem sido utilizada para diferenciar esses organismos ao nível de linhagens. As seqüências obtidas serão comparadas pela análise BLAST (NCBI) e a distância evolutiva entre as linhagens sequenciadas serão analisadas por meio da construção de árvore filogenética. No mínimo 50 linhagens de cianobactérias deverão ser caracterizadas. Por meio da amplificação por PCR de seqüências gênicas das enzimas sintetase de peptídeo não-ribossômico (NRPS), sintase de policetônico (PKS) e sistemas híbridos de NRPS/PKS espera-se identificar entre as linhagens caracterizadas molecularmente àquelas potencialmente produtoras de compostos naturais bioquimicamente ativos. Essas enzimas são conhecidas por estarem envolvidas na biossíntese de toxinas e antibióticos. A detecção desses genes de peptídeos não ribossômicos será realizada utilizando oligonucleotídeos iniciadores degenerados tendo como alvo seqüências conservadas das enzimas NRPS, PKS e híbridos NRPS/PKS. Os produtos de PCR obtidos para essas enzimas deverão ser sequenciados. Essas seqüências também serão comparadas pela análise BLAST e suas relações evolutivas verificadas pela construção de árvore filogenética. Metabólitos produzidos pelas linhagens que apresentarem genes dessas enzimas serão extraídos utilizando vários solventes. Os constituintes químicos dos extratos celulares obtidos serão analisados por TLC (Thin Layer Chromatography), HPLC (High Performance Liquid Chromatography) e Q-TOF-MS (Quadrupole Time-of-Flight Mass Spectrometry). A atividade inibitória desses compostos químicos será testada contra bactérias e fungos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Marli de Fátima Fiore - Coordenador / Augusto Etchegaray Júnior - Integrante / Luiz Alberto Beraldo de Moraes - Integrante / Maria Estela Silva Stenico - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1D. |
| 2. | 2006-2010. Diversidade e atividades funcionais de microrganismos de manguezais Descrição: Este projeto propõe avaliar a biodiversidade e composição de comunidades de bactérias, arquéias, fungos e cianobactérias de sedimentos e da rizosfera de manguezais da costa oceânica do Estado de São Paulo. A biodiversidade de grupos funcionais desses organismos envolvidos na fixação de nitrogênio, solubilização de fosfatos, degradação de lignocelulose, produção de antibióticos e toxinas serão também avaliados.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (3) . Integrantes: Marli de Fátima Fiore - Integrante / Itamar Soares de Melo - Coordenador / Luiz Alberto Beraldo de Moraes - Integrante / Rosana Filomena Vazoller - Integrante / João Lúcio de Azevedo - Integrante / Célia Maria M de Souza Silva - Integrante / Ricardo Harakava - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1D. |
| 1. | 2004-2008. Nanotecnologia: fabricação de nanoestruturas e estruturas supramoleculares em meio líquido. Observação das estruturas formadas e investigação dos processos de formação de nanoestruturas Descrição: Este projeto propõe a fabricação e o estudo da estrutura e das forças envolvidas nos processos de auto-organização de estruturas supramoleculares e nanoestruturas em meio líquido, por microscopia de força atômica (AFM-atomic force microscope) e microscopia de varredura ótica de campo-próximo (NSOM-near-field scanning optical microscope). Pretende-se, ao final deste estudo, obter uma melhor compreeensão dos fenômenos físicos envolvidos nos processos de auto-organização de nanoestruturas e das possibilidades de aplicações destes sistemas. Serão investigadas as seguintes áreas: a) processos de auto-organização de fosfolipídeos em estruturas de bi-camadas e em membranas sintéticas (lipossomas) e os processos de reconhecimento molecular de membranas naturais e, também, b) processos de auto-organização na biomineralização induzida por fragmentos de DNA. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (6) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Marli de Fátima Fiore - Integrante / Omar Teschke - Coordenador / Maurício Urban Kleinke - Integrante / David Mendes Soarez - Integrante / Elizabeth Fátima de Souza - Integrante / Augusto Etchegaray Júnior - Integrante / Tomas Alberto Prolla - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1D. |
| 1. | 2002-2005. Análise da diversidade de cianobactérias de reservatório de água através de eletroforese em gel com gradiente desnaturante Descrição: O presenteprojeto tem como objetivo conhecer a diversidade de cianobactérias na represa Billings, São Paulo e detectar a presença de espécies produtoras da toxina microcistina utilizando técnicas moleculares. Sequências de regiões dos genes rRNA 16S e mycA (gene da microcistina) específicas de cianobactérias serão utilizadas como marcadores moleculares. Essas sequências serão obtidas através da extração de DNA das amostras ambientais das águas coletadas em diferentes locais da represa e da amplificação por PCR da região desses genes usando oligonucleotídeos iniciadores específicos. As análises dos produtos de PCR usando a técnica da eletroforese em gel com gradiente desnaturante (DGGE) permitirá separar as diferentes bandas obtida, as quais representam as linhagens presentes no reservatório e também as diferentes isoformas do gene de microcistina. O sequenciamento das bandas obtidas na DGGE permitirá identificar as espécies e as isoformas do gene da microcistina presentes no reservatório. A análise filogenética das sequências obtidas será efetudada usando análises computacionais.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Especialização: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Marli de Fátima Fiore - Coordenador / Adriana Sturion Lorenzi - Integrante / Brett A Neilan - Integrante / Márcio L Lambais - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 2 Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1D. |
| 1. | 2001-2004. Expressão do gene da metalotioneina de Synechococcus PCC7942 e análise estrutural da proteína Descrição: O presente projeto tem como objetivo determinar a estrutura tridimensional da MT da cianobactéria Synechococcus PCC7942, assim como suas propriedades dinâmicas quanto a ligação e liberação de metais. Além da estrutura da MT de Synechococcus PCC7942, será possível explorar seu processo de enovelamento, uma vez que a adição de metal causa o enovelamento espontâneo à estrutura nativa. Para se obter a quantidade necessária de MT para realizar esse estudo estrutural, o gene smtA será expresso heterologamente. Após o isolamento, clonagem e sequenciamento do gene smtA, este será inserido num vetor de expressão em Escherichia coli. A MT de Synechococcus recombinante obtida será purificada e a caracterização estrutural dessa proteína será realizada através da ressonãncia magnética nuclear (RMN) e cristalografia.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Marli de Fátima Fiore - Coordenador / Hung Lee - Integrante / Jack T Trevors - Integrante / Alberto Spisni - Integrante / Thelma de Aguiar Pertinhez - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 1 Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1D. |
Data de processamento: 30/01/2023 10:53:32