| 1. | 2021-Atual. Feebacks Planta-Solo na Floresta Amazônica e em Sistemas Agrícolas no Estado do Amazonas Descrição: Os processos físicos, químicos e biológicos mantem interação constante entre planta e solo. Os efeitos desses processos são denominados feedbacks planta-solo e são pouco conhecidos nos solos da Amazônia, sendo críticos para se restaurar a biodiversidade vegetal e as propriedades dos ecossistemas. O objetivo deste projeto é avaliar os feedbacks planta-solo na floresta e em sistemas agrícolas no Amazonas. Pretende-se consolidar os conhecimentos sobre a diversidade microbiana dos solos amazônicos assim como de suas características químicas, físicas e biológicas e a identificação de organismos-chave para o repovoamento microbiano em ações de recuperação de áreas degradadas no Amazonas, em curso desde 1977 pelas equipes do INPA/EMBRAPA. Além disso, ocorrerá fortalecimento da cooperação entre os grupos de pesquisa do INPA-EMBRAPA e CENA/ESALQ (USP), através do desenvolvimento de estratégia de enriquecimento microbiológico de solos degradados empobrecidos, facilitando estabelecimento da nova vegetação. As informações tanto de áreas de florestas da Amazônia como da Mata Atlântica suportam nossas hipóteses quanto à regeneração pela flora (e fauna) de diferentes áreas de estudos de ambos grupos. E, da mesma forma, o projeto deverá estabelecer as metodologias usadas pelo projeto FAPESP-NWO (Mata Atlântica), em desenvolvimento pelo Programa FAPESP-Biota, em colaboração com as equipes do projeto ?Seringueira tricomposta como principal componente em plantios sucessivos na Amazônia? (SEG Embrapa) financiado pela FAPEAM e da equipe do INPA, no programa de restauração de áreas degradadas via sistemas agroflorestais e agrícolas sustentáveis.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Doutorado: (4) . Integrantes: Tsai Siu Mui - Integrante / Siu Mui Tsai - Coordenador / Luiz Antônio de Oliveira - Integrante / Aleksander Westphal Muniz - Integrante / Rogério Eiji Hanada - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1A. |
| 1. | 2019-Atual. CYANO-338 an integrative joining efforts to sequence genomes of cyanobacteria Descrição: This project is a global initiative to sequence the genomes of type genera and species of cyanobacteria. Genome sequences are the most detailed record of living organisms, which can be used to infer evolutionary relationships for classification and functional potential. Genome sequencing has never been more accessible, and less than 10% (30/368) of cyanobacterial type species have been sequenced to date. The aspirational goal is establish a roadmap to systematize cyanobacterial nomenclature using genome type material and phylogeny. One of Genomic Encyclopedia of Bacteria and Archaea (GEBA) projects at DOE-JGI seeks to expand our understanding of life by sequencing the genomes of the type strains of diverse prokaryotes. Recently, these projects were extended to GEBA VI to include functional genomics. The proposed studies will systematically investigate genome function by a combination of genomics to determine gene content, transcriptomics to elucidate gene expression, exometabolomics to examine metabolite profiles, and pangenomics to identify the core genome and evolutionary processes of individual species.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marli de Fátima Fiore - Integrante / Annick Wilmotte - Integrante / Ana Paula Dini Andreote - Integrante / Jan MARE? - Integrante / Simone Raposo Cotta - Integrante / Endrews Delbaje - Integrante / Diego Mauricio Riaño-Pachón - Integrante / Philip Hugenholtz - Coordenador / Rochelle Soo - Integrante / Muriel Gugger - Integrante / Aharon Oren - Integrante / Tomas Hauer - Integrante / Conrad Schoch - Integrante. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1D. |
| 2. | 2019-Atual. Transformações cianobacterianas no catabolismo do metilfosfonato e sua importância na emissão de metano Descrição: A preocupação com o aumento crescente dos níveis de gases de efeito estufa, como o metano, na atmosfera exige uma constante reavaliação das fontes desses gases. O metano biogênico tem sido amplamente considerado um produto da metanogênese das arquéias, um processo anaeróbico que é inibido ou desfavorecido pela presença de oxigênio e sulfato. Uma nova e pouco estudada rota de produção aeróbia de metano é a desmetilação do metilfosfonato (MPn), uma substância de fósforo reduzido de um carbono simples com uma ligação C-P (fosfonato) quimicamente estável. Diversas bactérias heterotróficas e cianobactérias codificam em seus genomas a via liase C-P, um complexo multienzimático que media a degradação de fosfonatos. Sob estresse de fósforo, esses microrganismos usam a via liase C-P para clivar a ligação C-P do metilfosfonato (MPn), liberando metano e sequestrando o fósforo na forma de fosfato. Considerando que algumas cianobactérias são formadoras de florações nos mais diversos ambientes aquáticos e um aumento deste fenômeno tem sido observado devido ao aquecimento global, avaliar a produção de metano por estes microrganismos torna-se fundamental para conhecer esta fonte de metano tão pouco explorada. Dessa forma, o objetivo geral deste projeto é gerar conhecimento sobre a contribuição das cianobactérias formadoras de florações na emissão de metano para a atmosfera usando abordagens moleculares e químicas. Para isto, o projeto foi estruturado em quatro eixos de pesquisa: (1) sequenciamento gênomico de isolados brasileiros de cianobactérias formadoras de florações; (2) identificação e caracterização de genes envolvidos na degradação de fosfonatos em genomas cianobacterianos; (3) medição da emissão de metano por isolados cianobacterianos formadores de florações em bioensaios in vitro com diferentes fontes de P; (4) medição da emissão de metano in situ em florações cianobacterianas. A tecnologia de sequenciamento de nova geração (Next Generation Sequencing-NGS), ou seja, a plataforma Illumina HiSeq do Centro de Genômica Funcional Aplicada à Agropecuária e à Agroenergia, da ESALQ/USP, em Piracicaba-SP, será usada para gerar os genomas cianobacterianos. As abordagens de bioinformática nos genomas sequenciados permitirá acessar o potencial de processos metanogênicos aeróbios realizados pelas cianobactérias. As análises químicas para a medição da concentração de metano produzida pelas cianobactérias será determinada por cromatografia gasosa no laboratório de Ecologia Isotópica do CENA/USP, em Piracicaba-SP.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (3) . Integrantes: Marli de Fátima Fiore - Coordenador / Ernani Pinto Junior - Integrante / Kaarina Sivonen - Integrante / Alessandro de Mello Varani - Integrante / Plinio Barbosa Camargo - Integrante / Diego Mauricio Riaño Pachón - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1D. |
| 1. | 2018-Atual. Applying the ?biotic soil legacy? approach to understand positive-negative biota interactions for direct forest restoration from plant-soil communities feedbacks ? ?BioFor? Descrição: As plantas e os solos estão em constante interação, e os efeitos observados para todos os processos físicos, químicos e biológicos que contribuem para essas interações resultam em um chamado "planta-solo feedback " que é conhecido por ser crítico para a restauração das comunidades originais de plantas e das propriedades do ecossistema. O uso anterior da terra em locais onde a Mata Atlântica deve ser restaurada alterou a contingência histórica das propriedades do solo, o que influenciará na restauração florestal por efeitos dessa herança. A existência de realimentação planta-solo tem sido demonstrada em florestas que variam de sistemas tropicais a temperados, no entanto, pouco, ou nada é conhecido sobre o feedback planta-solo na Mata Atlântica. Nosso objetivo é investigar como as reações entre plantas e solo operam na Mata Atlântica primária e secundária (em regeneração), e como as reações em áreas atualmente desmatadas podem influenciar as oportunidades de restauração bem-sucedida da diversidade original de espécies arbóreas e do funcionamento do ecossistema florestal. Primeiro, deveremos coletar um conjunto de dados observacionais em grande escala sobre a riqueza de espécies do solo e a abundância de microorganismos (bactérias, fungos, protistas) e pequenos invertebrados (nematóides), para caracterizar as redes de solo. Esses dados serão vinculados a informações sobre composição vegetal / árvores e propriedades abióticas do solo em florestas naturais (originais) e restauradas, bem como áreas desmatadas a serem utilizadas para restauração florestal. Em seguida, examinaremos empiricamente os feedbacks de solo-planta desses solos, a fim de determinar sua adequação para a regeneração florestal. Para este propósito, os gráficos de campo que podem gerar informações espacialmente explícitas sobre um intervalo de variáveis ao longo do tempo serão estabelecidos ao longo de 100 transectos ao longo das diferentes paisagens. Combinando modelos de ecossistemas e dados de rede de parcelas de campo, iremos avaliar quais condições de solo fornecem as melhores possibilidades para a restauração florestal. Ao gerar informações espaciais e temporais sobre uma série de variáveis ao longo do tempo e escala, incluindo interações positivas e negativas das comunidades acima e abaixo do solo, determinaremos se esses efeitos são mais pronunciados em solos sob vegetação original ou restaurada do que em solos degradados, ou se são sistemas restaurados sem sucesso. Dados sobre áreas perturbadas com oportunidades menos ou mais adequadas para possibilitar interações planta-solo para espécies de plantas florestais / espécies de árvores nos permitirão obter informações para um plano adequado para melhorar e acelerar os programas de restauração da Mata Atlântica.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (3) . Integrantes: Tsai Siu Mui - Integrante / Siu Mui Tsai - Coordenador / Ricardo Ribeiro Rodrigues - Integrante / Wim van der Putten - Integrante / Acácio Aparecido Navarrete - Integrante / Lucas William Mendes - Integrante / Pedro H. Brancalion - Integrante / Wanderley Bieluczyk - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1A. |
| 1. | 2017-Atual. MUDANÇAS CLIMÁTICAS E IMPACTOS AMBIENTAIS EM ÁREAS ALAGADAS (WETLANDS) DO PANTANAL (BRASIL): QUANTIFICAÇÃO, FATORES DE CONTROLE E PREVISÃO EM LONGO PRAZO Descrição: As áreas alagadas (wetlands) têm papel fundamental no controle de fatores que podem influenciar ou serem influenciados por mudanças climáticas e ambientais O projeto apresentado será desenvolvido na Nhecolândia (MS), região caracterizada por um sistema de lagoas cujas águas variam de doce a hipersalina. Trata-se de uma pesquisa multi e interdisciplinar cujo desafio científico é elucidar o funcionamento geoquímico e biogeoquímico dessa região, transferir os conhecimentos adquiridos para a elaboração de balanços regionais dos fluxos de gases de efeito estufa (GEE), e compreender os processos de disponibilização do arsênio (As) para as águas, considerando a influência de fatores ambientais, em particular, das mudanças climáticas. O projeto está estruturado em quatro ações cujos objetivos específicos são : (i) identificar os processos que controlam os funcionamentos biogeoquímicos das lagoas e avaliar suas consequências nos ciclos do C e do N, nas emissões de GEE e na distribuição e especiação do As na paisagem ; (ii) verificar a evolução dos solos ao redor das lagoas, para compreender o funcionamento do sistema solo-água; (iii) desenvolver um modelo numérico do funcionamento hidrológico e hidroquímico das lagoas, para predizer a evolução do sistema face aos estresses ambientais ; (iv) verificar o potencial de utilização dos dados de sensoriamento remoto para identificar feições espectrais e topográficas que permitam associar as variáveis que poderiam estar relacionadas as emissões de GEE e sua extrapolação para a escala regional. Os resultados obtidos poderão fornecer subsídios científicos para elaboração de políticas públicas para o gerenciamento sustentável do Pantanal.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: Marli de Fátima Fiore - Integrante / Plínio Barbosa de Camargo - Integrante / Laurent Barbiero - Integrante / Ary Tavares Rezende-Filho - Integrante / Hugo Miguel Preto de Morais Sarmento - Integrante / Adolpho José Melfi - Coordenador / Celia Regina Montes - Integrante / Débora Marcondes Bastos Pereira - Integrante / Anne Helene Fostier - Integrante / Janaina Braga do Carmo - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1D. |
| 1. | 2016-2021. EMU concedido no processo 2015/22617-5: Dual-laser Trace Gas Monitor Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Tsai Siu Mui - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1A. |
| 2. | 2016-2016. INCT-Microbiomas Descrição: INCT 2014. Situação: Desativado; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Tsai Siu Mui - Integrante / Siu Mui Tsai - Coordenador / Daniel Saito - Integrante / Luiz Fernando Wurdig Roesch - Integrante. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1A. |
| 3. | 2016-2018. Proposta de melhorias na infraestrutura de pesquisa do CENA: rede sem fio (wireless) e internet, central analítica multiusuário e destinação de resíduos químicos Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Tsai Siu Mui - Integrante / Siu Mui Tsai - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1A. |
| 4. | 2016-2018. Reserva Técnica FAPESP para Apoio Institucional à Pesquisa Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Tsai Siu Mui - Integrante / Siu Mui Tsai - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1A. |
| 1. | 2014-2018. Biodiversity of cyanobacteria and their bioactive compounds from under-explored Brazilian habitats Descrição: Cyanobacteria are interesting ancient diverse organisms with a great future in biotechnology. They produce a large number of biomedically interesting bioactive compounds as well as have good prospects in bioenergy field. In this project, we will investigate molecular and cultivable cyanobacterial biodiversity from diverse habitats in Brazil. We will isolate strains to form a biobank and utilize cyanobacterial strains to screen and identify new bioactive compounds, their biosynthetic genes and enzymes. The Brazilian and Finnish teams have complementary expertise and will join forces to reveal cyanobacterial, bioactive compound and biosynthetic gene diversity in the state of São Paulo. The outcomes of the project will be taxonomically new cyanobacteria, information on the biodiversity of cyanobacteria from diverse environments, novel bioactive compounds for drug leads and cell reagents, new biosynthetic pathways and novel enzymes, database products of LC-MS fragmentation patters of the compounds, which can be used to exclude the known compounds and focus novelty in the future research. The biobank of cyanobacteria is a natural resource which could be utilized for the benefit of the country for years to come. One of the major ecosystem services provided by the cyanobacteria is the production of new bioactive compounds, drug leads for combatting serious human diseases. We will map the environments likely to yield to highest diversity of cyanobacteria and their metabolites for benefit of future targeted searches for novel natural products.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (4) / Doutorado: (5) . Integrantes: Marli de Fátima Fiore - Coordenador / Augusto Etchegaray - Integrante / David P. Fewer - Integrante / Jouni Jokela - Integrante / Kaarina Sivonen - Integrante / Ernani Pinto - Integrante / Alessandro de Mello Varani - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Academy of Finland - Auxílio financeiro. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1D. |
| 2. | 2014-2021. Dimensoes US-FAPESP Biota-SP: Pesquisa Colaborativa Integrando as dimensoes da Biodiversidade Microbiana ao Longo de Areas sob Alteracao do Uso da Terra em Florestas Tropicais (FAPESP-BIOTA-NSF DIMENSIONS) Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (5) / Doutorado: (8) . Integrantes: Tsai Siu Mui - Integrante / Siu Mui Tsai - Coordenador / Jorge Mazza Rodrigues - Integrante / Brendan J. Bohannan - Integrante / Fernando Dini Andreote - Integrante / Paulo Artaxo - Integrante / Plinio Camargo - Integrante / Scott Saleska - Integrante / Carlos Martinez - Integrante. Financiador(es): National Science Foundation - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1A. |
| 3. | 2014-2021. Integrando as dimensões da biodiversidade microbiana ao longo de áreas de alteração do uso da terra em florestas tropicais (FAPESP-BIOTA-NSF DIMENSIONS) Descrição: Microrganismos coordenam os processos ecológicos dos quais a vida depende, sendo que nós sabemos menos sobre sua biodiversidade, do que para plantas e animais. A Ecologia Microbiana é muita sofisticada na estimativa das dimensões filogenética, genética e funcional da biodiversidade microbiana, porém, a integração dessas dimensões é alusiva. Este projeto irá combinar recentes avanços sequenciamento de ácidos nucleicos e biogeoquímica de ecossistemas para acessar uma questão marcante da biogeoquímica moderna; o que controla o ciclo do metano ao longo de gradientes de uso do solo em florestas tropicais? A resposta a essa questão requer que nós acessemos o desafio fundamental da biologia de entender as interações e feedbacks entre as três dimensões da biodiversidade. Para responder essas questões, serão acessadas as dimensões genética, filogenética e funcional da biodiversidade de bactérias e arqueias em duas florestas tropicais brasileiras ameaçadas pelo desenvolvimento: uma floresta tropical da Amazônica Oriental, em Rondônia e uma Reserva da Amazônia Ocidental perto de Santarém. Essas florestas abrigam uma gama de tipos de ecossistemas, características de solo e histórico de uso do solo. Serão acessadas três dimensões da biodiversidade microbiana do solo: (1) composição da comunidade microbiana e diversidade filogenética através de sequenciamento em larga escala de genes do ciclo do metano (pmoA e mcrA); (2) sequenciamento completo da diversidade genética (com foco no potencial metabólico) através de regiões de genes alvo e sequenciamento metagenômico de fragmentos de genoma relevantes funcionalmente; e (3) diversidade funcional do ecossistema como um todo, através de observações de emissão/consumo de metano e seus isótopos, que serão então comparados as proporções de transcritos: genes para os genes do ciclo do metano. Para integrar de maneira profunda todas as três dimensões da biodiversidade microbiana, será usada uma abordagem em dois níveis: (1) Integração estatística pareada entre os dados das dimensões adjacentes; (2) integração simultânea de todas as três dimensões através do desenvolvimento de um modelo computacional baseado em características (Micro Trait-ME), que combina identidades taxonômicas, abundâncias e valores de características (inferidas do conteúdo genético e dos dados de expressão) para predizer a resposta do ciclo do metano à mudança de uso do solo. Esse modelo será útil para uma ampla comunidade de pesquisadores.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (4) . Integrantes: Tsai Siu Mui - Integrante / Siu Mui Tsai - Coordenador / Cosme Damiao Cruz - Integrante / Marcelo Moreira - Integrante / NUSSLEIN, K. - Integrante / Fernando Dini Andreote - Integrante / Plinio Camargo - Integrante / Scott Saleska - Integrante / RODRIGUES, JORGE L. M. - Integrante / Clovis Daniel Borges - Integrante / Brendan Bohannan - Integrante / Andressa Monteiro Venturini - Integrante / Vanderlei Bieluczyk - Integrante / Beatriz Maria Ferrari Borges - Integrante / Fabiana Paula - Integrante / Victor Pylro - Integrante / Andreas Braendholt - Integrante / Laura Meredith - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa / National Science Foundation - Cooperação / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1A. |
| 1. | 2013-2016. Diversidade de Cianobactérias em lagoas salino-alcalinas do Pantanal Mato-grossense (MS), região da Nhecolândia Descrição: O Pantanal brasileiro caracteriza-se por ser a maior área alagada do planeta, ocupando aproximadamente 2 x 105 km². A sub-região da Nhecolândia (Pantanal da Nhecolânida) se estende por 24.000 km², sendo caracterizada pela ocorrência de doze mil (12.000) a dezessete mil e quinhentas (17.500) lagoas rasas, as quais coexistem em proximidade. Destas, aproximadamente quinhentas apresentam altos valores de salinidade e de pH, sendo conhecidas como salinas. Nestas lagoas a salinidade aumenta drasticamente durante a estação de seca e nesse período frequentemente se observam florações de cianobactérias e microalgas. As cianobactérias são micro-organismos fotossintéticos oxigênicos, as quais pertencem ao domínio Bacteria e com ampla distribuição em diversos biomas. Estudos realizados no Setor de Ecologia Molecular de Cianobactérias ? Lab. Biologia Celular e Molecular (CENA/USP), com linhagens isoladas de vários ecossistemas brasileiros, têm demostrado a grande diversidade taxonômica deste grupo, inclusive com a descrição de novos taxa. Além disso, as cianobactérias isoladas apresentam amplo potencial metabólico no que tange a produção de toxinas e outras moléculas bioativas. Por fim, alguns grupos de cianobactérias são capazes de realizar o processo de fixação biológica do nitrogênio (FBN), tornando-os alvo para estudos de biogeoquímica e bioprocessos. No entanto, não há registro na literatura de estudos que contemplem a caracterização filogenética e análise do potencial biotecnológico de linhagens isoladas de salinas do Pantanal sul mato-grossense, bem como o acesso à diversidade deste grupo e de genes envolvidos no metabolismo de nitrogênio utilizando técnicas moleculares independentes de cultivo. Neste contexto, esse projeto tem como objetivos (i) estudar a comunidade de cianobactérias na sub-região do Pantanal da Nhecolândia, por meio de isolamento em meios específicos, caracterizando as linhagens isoladas quanto a sua morfologia e filogenia; (ii) avaliar o potencial antimicrobiano de extratos orgânicos obtidos a partir das linhagens isoladas; (iii) acessar a diversidade de cianobactérias por meio de técnicas independentes de cultivo, utilizando sequenciamento massivo (pirosequenciamento) e PCR quantitativo (qPCR) do gene rDNA 16S; e (iv) analisar a presença de genes envolvidos no metabolismo do nitrogênio, em especial, relacionados à FBN.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (3) . Integrantes: Marli de Fátima Fiore - Coordenador / Diego Bonaldo Genuário - Integrante / Fernando Dini Andreote - Integrante / Marcelo Gomes Marçal Vieira Vaz - Integrante / Ana Paula Dini Andreote - Integrante / Laurent Barbiero - Integrante / Sonia Maria Furian - Integrante / Gabriela Machineski da Silva - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1D. |
| 1. | 2012-2014. Bioindicadores funcionais para monitoramento da qualidade do solo para o manejo sustentável da produção de biomassa em cana-de-açúcar (BIOSQ) Descrição: Estudos prévios e atuais do parceiro BE-Basic definiram recentemente o termo Normal Operating Range (NOR) para avaliação da estrutura das comunidades microbianas e seu potencial functional em solos holandeses (Projetos EcoGenomics e EcoLinc), baseados em tecnologias de microarranjos e PCR-quantitativo, utilizando um sistema integrado de análises de solos, perfis de comunidades microbianas, qPCR, sequenciamento em larga escala (pirosequenciamento), microarranjos filogenéticos (PhyloChips) e funcionais (GeoChips). De forma especial, esses estudos sugerem que distintos grupos microbianos podem servir como indicadores de específicas condições de solo, por ex., pH ou estado nutricional, sugerindo fortemente que existem bio-indicadores microbianos em solo e que podem ser explorados para fornecer informação rápida sobre o estado do solo. Este projeto visa também determinar as categorias de genes em funções chaves (nitrificação, fixação de nitrogênio, desnitrificação) mais indicativos do estado específico do solo; determinar bio-indicadores funcionais nos processos de emissão/seqüestro dos gases de efeito estufa (C02, CH4, N20); desenvolver uma plataforma para levantamento e monitoramento de bio-indicadores taxonômicos e funcionais que serão obtidos neste projeto para o manejo sustentável da produção cana-de-açúcar; aplicação de ferramentas de bioinformática e análise estatística multivariada para integrar os dados e atributos físico-químicos do solo com o objetivo de monitorar os microrganismos e os genes funcionais associados aos ciclos biológicos do C e N no solo; testar e validar a plataforma Be-Basic ("BIOSQ") em estações experimentais com cultivos de cana-de-açúcar da APTA no Estado de São Paulo. A meta é a identificação de numerosos grupos taxonômicos e genes com potencial para uso como bio-indicadores de atributos específicos do estado do solo, tais como disponibilidade de nutrientes, nível de perturbação e fertilidade do solo, e permitir a aplicação de uma plataforma para determinação da qualidade do solo baseada nesses bio-indicadores. Esta forma padronizada de análise requererá um menor esforço de conhecimento especializado. Nosso projeto trará contribuições importantes para o Programa FAPESP-BIOEN, que tem a meta de estudar os impactos de uma economia baseada em sistemas biológicos alternativos no ambiente e na saúde humana.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Doutorado: (5) . Integrantes: Tsai Siu Mui - Integrante / Siu Mui Tsai - Coordenador / Acácio Aparecido Navarrete - Integrante / Eiko Eurya Kuramae - Integrante / Clovis Daniel Borges - Integrante / MELLIS, ESTÊVÃO V. - Integrante / Eliana G.G. Lemos - Integrante / Borges, Beatriz Maria Ferrari - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1A. |
| 1. | 2011-2013. Cooperação Internacional - Convênios Bilaterais: CNPq (Brasil)/FNRS (Bélgica) Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (3) . Integrantes: Marli de Fátima Fiore - Coordenador / Rosane M. Aguiar - Integrante / Adriana Sturion Lorenzi - Integrante / Célia Leite Sant'Anna - Integrante / Maria Estela Silva-Stenico - Integrante / Célia Leite Sant'Anna - Integrante / Annick Wilmotte - Integrante / Carlos Ernesto Gonçalves Reynaud Schaefer Schaefer - Integrante / Zorigto Namsaraev - Integrante / Míriam Albuquerque - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1D. |
| 2. | 2011-2015. Environmental Characterization and Evaluation of Biogenic Ocean Resources from Brazilian Continental Shelf and Adjacent Oceanic Zone - CARBOM Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: Marli de Fátima Fiore - Integrante / Vivian Helena Pellizari - Integrante / Janaina Rigonato - Integrante / Maria Paula Cruz Schneider - Integrante / Artur Luiz da Costa da Silva - Integrante / Caroline Hoff-Risseti - Integrante / Frederico Pereira Brandini - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1D. |
| 3. | 2011-2013. Sequenciamento do genoma da cianobactéria Microcystis aeruginosa SPC777 Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (6) . Integrantes: Marli de Fátima Fiore - Coordenador / Siu Mui Tsai - Integrante / Fernando Dini Andreote - Integrante / Janaina Rigonato - Integrante / Cláudia Barros Monteiro Vitorello - Integrante / Maria Paula Cruz Schneider - Integrante / Artur Luiz da Costa da Silva - Integrante / Evonnildo Costa Gonçalves - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1D. |
| 4. | 2011-2013. The microbiome of Amazonian Dark Earth: Structure and function of the microbial communities from rhizosphere and biochar associated to the biogeochemical processes (BIOTA/FAPESP: MICROORGANISMOS) Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (5) . Integrantes: Tsai Siu Mui - Coordenador / Eikio Eurya Kuramae - Integrante / Aleksander Westphal Muniz - Integrante / Newton Paulo Falcão - Integrante / Carles R. Clement - Integrante / Eduardo Goes Neves - Integrante / Joao Lucio de Azevedo - Integrante / Fabiana de Souza Cannavan - Integrante / Mariana Germano Silva - Integrante / Rodrigo Gouvea Taketani - Integrante / Amanda Barbosa Lima - Integrante / Janne Louize Souza Santos - Integrante / Beata Emoke Madari - Integrante. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1A. |
| 1. | 2010-2012. Aquisição de sistema com plataforma para microdissecção por captura a laser aplicada em estudos de biologia celular e molecular Descrição: Sistema de plataforma, para tecnologia de microdissecção por gravidade e movimentação de feixe de laser sobre amostras, para possibilitar estudos por dissecção e captura de células de um tecido ou rizosfera, e ao mesmo tempo, garantindo alto desempenho em termos de velocidade e precisão da microdissecção de amostras com diferentes espessuras. Esta tecnologia tem sido aplicada para obter células de plantas e mais recentemente para estudar as interações planta-microrganismo. Particularmente, as técnicas usadas em estudos nas interações planta-microrganismos, são de grande relevância para as pesquisas planta-patógeno e planta-microrganismos mutualísticos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) . Integrantes: Tsai Siu Mui - Coordenador / Maria Helena de Souza Goldman - Integrante / Adriana P M Rodrigues - Integrante / Marcelo Carnier Dornelas - Integrante / Adriana Pinheiro Martinelli - Integrante / Sergio Line - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1A. |
| 2. | 2010-2012. Cianobactérias e cianotoxinas em reservatórios de água de abastecimento público Descrição: O impacto antrópico nos ecossistemas aquáticos tem sido um grande fator de risco para a saúde humana. A conseqüência disso é a ocorrência do processo de eutrofização, o qual causa enriquecimento desses ecossistemas pelo aumento das concentrações de nutrientes na água, provenientes de descargas de esgotos domésticos e industriais dos centros urbanos e de agricultura. Essas mudanças na qualidade da água ocasionam florações de microalgas e cianobactérias. A principal preocupação com o aumento da ocorrência de florações de cianobactérias em mananciais de abastecimento de água é a capacidade desses micro-organismos produzirem e liberarem para o meio líquido toxinas (cianotoxinas) que podem afetar a saúde humana, tanto pela ingestão de água como por contato em atividades de recreação no ambiente, ou ainda pelo consumo de pescado contaminado. Entretanto, a principal via de intoxicação é pelo consumo oral da água sem um tratamento adequado para remoção dessas toxinas. As cianotoxinas podem ser classificadas em categorias de acordo com seu efeito biológico em sistemas e órgãos que são mais afetados. O monitoramento de cianobactérias em águas usadas para o abastecimento público foi considerado uma das áreas prioritárias pela Organização Mundial da Saúde, a qual estipulou que a concentração máxima tolerável de microcistinas em água potável é de 1,0 g L-1. No Brasil, esse mesmo valor em água potável foi estabelecido através da Portaria 518/2004 (substituiu a 1469/2000) do Ministério da Saúde. Valores toleráveis para as outras cianotoxinas ainda estão sendo discutidos. Existe, portanto, uma necessidade urgente por parte dos órgãos responsáveis pelo gerenciamento da qualidade de água destinada ao consumo humano de predizer a formação de florações tóxicas e monitorar seu desenvolvimento. Neste estudo, pretende-se monitorar a ocorrências destas florações em vários reservatórios de provisão de água e avaliar a presença de microcistinas e outros cianopeptídeos. Para isso, ser. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: Marli de Fátima Fiore - Coordenador / Adriana Sturion Lorenzi - Integrante / Janaina Rigonato - Integrante / Simone Possedente de Lira - Integrante / Maria Estela Stenico - Integrante / William H. Gerwick - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1D. |
| 3. | 2010-2013. Genes biossintéticos e produtos naturais bioativos de cianobactérias da Amazônia: Fronteiras em biotecnologia Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marli de Fátima Fiore - Integrante / Maria Paula Cruz Schneider - Coordenador / Artur Luiz da Costa da Silva - Integrante / Evonnildo Costa Gonçalves - Integrante / Carlos Ricardo Soccol - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1D. |
| 4. | 2010-Atual. Modernização da infraestrutura para consolidação de pesquisa inovadora de impactos antrópicos em ecossistemas aquáticos e terrestres Descrição: CT-INFRA ? PROINFRA ? 01/2009. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Victor Alexandre Vitorello - Integrante / Reynaldo Luiz Victoria - Coordenador. Financiador(es): Financiadora de Estudos e Projetos - Auxílio financeiro. Membro: Victor Alexandre Vitorello. |
| 5. | 2010-Atual. Respostas de mutantes hormonais do cultivar Micro-Tom de tomateiro a estresse por pH baixo e Al Descrição: Nas pesquisas envolvendo a toxicidade de H+ e Al, geralmente é presumido que estes dois fatores de estresse são independentes. Contudo, o pH baixo pode afetar a estrutura de diversos componentes da superfície da célula, podendo causar efeitos deletérios em si ou também alterando drasticamente o acesso e a interação do Al com seus alvos. As células vegetais possuem um sistema de monitoramento e de resposta a ameaças à integridade da sua parede celular (estresse de parede). Tanto o H+ e o Al podem causar desarranjos e estresse na parede da célula, acionando vias de sinalização e alterando a expressão de genes que acabam modificando e reforçando a estrutura da parede. As modificações envolvendo espécies reativas de oxigênio são um dos mecanismos envolvidos na re-estruturação da parede. A resposta, como um todo, ainda é pouco entendida, mas sabe-se que é regulada e controlada por hormônios vegetais. O objetivo deste projeto é de avaliar a resposta de mutantes de diversas classes hormonais do cultivar Micro-Tom de tomateiro ao estresse por H+ e Al, dando ênfase às modificações oxidativas na parede.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) . Integrantes: Victor Alexandre Vitorello - Coordenador / Lázaro Eustáquio Pereira Peres - Integrante. Membro: Victor Alexandre Vitorello. |
| 1. | 2009-2011. Avaliação de sistemas de uso do solo por meio de indicadores de sustentabilidade ambiental microbiológico e bioquímico em sistemas florestais e agroflorestais Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Tsai Siu Mui - Integrante / Maria de Lourdes de Oliveira - Integrante / Maria de Lourdes Pinheiro Ruivo - Coordenador / Dirse Kern - Integrante. Financiador(es): Fundação Amazônia Paraense de Amparo à Pesquisa - Auxílio financeiro. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1A. |
| 2. | 2009-2013. Diversidade microbiana na filosfera e solo da Mata Atlântica Descrição: Em trabalhos anteriores desenvolvidos em nosso laboratório foi observado que diferentes espécies vegetais selecionam comunidades bacterianas distintas, e que cada espécie vegetal pode abrigar um número apreciável de espécies bacterianas desconhecidas na filosfera. Nossa estimativa é de que a Mata Atlântica possa conter entre 2 e 13 milhões de novas espécies bacterianas somente na filosfera. Em outro trabalho desenvolvido em uma parcela permanente de 10 ha no Parque Estadual de Carlos Botelho foi observado que as estruturas das comunidades bacterianas da filosfera de plantas mais próximas filogeneticamente são mais similares entre si do que as estruturas das comunidades de plantas mais distantes filogeneticamente. Outro dado interessante é que, mesmo considerando‐se a variabilidade espacial da estrutura das comunidades de bactérias da filosfera de plantas da mesma espécie localizadas em diferentes posições geográficas na parcela permanente, essa variação é menor do que aquela observada entre indivíduos de espécies diferentes. Esses dados sugerem que as populações bacterianas na filosfera são selecionadas pela espécie vegetal, e que cada espécie vegetal possui uma comunidade bacteriana única na filosfera. A análise das comunidades bacterianas associadas à casca das mesmas espécies arbóreas revelou menor riqueza de espécies, com dominância de poucos gêneros, quando comparado à filosfera, e uma estrutura de comunidade igualmente determinada pela espécie vegetal. Já, o solo sob a copa das árvores amostradas apresentou comunidades bacterianas com maior riqueza de espécies, em relação à filosfera e casca, mas menor variabilidade espacial na floresta e menor dependência em relação à espécie vegetal sob a copa da qual a amostra foi coletada. No geral, esses dados apontam para um novo paradigma na ecologia microbiana: a diversidade microbiana associada às superfícies das plantas pode ser tão elevada quanto aquela observada no solo, considerado o ambiente com maior diver. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Marli de Fátima Fiore - Integrante / Márcio R Lambais - Coordenador / Eder da Costa dos Santos - Integrante / Lucas Carvalho Basilio de Azevedo - Integrante / David Crowley - Integrante / Ludwig Pfenning - Integrante / Ari Jumponnen - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1D. |
| 3. | 2009-2011. Identificação de genes do feijoeiro comum (Phaseolus vulgaris) envolvidos na resistência a estresses bióticos (antracnose) e abióticos (seca) Descrição: O presente projeto pretende identificar genes que controlam os mecanismos de defesa e adaptação do feijoeiro à falta de água e ao ataque de patógenos durante o seu desenvolvimento, e identificar e analisar genes análogos de resistência (RGAs) em bancos de dados de sequências expressas (ESTs) de feijoeiro. Para isto, duas bibliotecas subtrativas de cDNA serão construídas para identificar genes diferencialmente expressos em variedades de P. vulgaris contrastantes quanto à tolerância ao estresse hídrico (5000 sequências por biblioteca); duas bibliotecas para identificar genes diferencialmente expressos em plantas inoculadas com C. lindemuthianum e induzidas ou não com silício (5000 sequências por biblioteca); e serão gerados marcadores moleculares TRAP para resistência a antracnose a partir de sequências buscadas no banco de dados do feijão comum. Os resultados obtidos fornecerão bases moleculares para o entendimento do controle genético da resistência do feijoeiro comum a estresses bióticos e abióticos de grande importância para a cultura, e poderão levar à indicação de genes candidatos para uso como marcadores moleculares e na transformação genética, auxiliando os programas de melhoramento genético. A interação entre os laboratórios de Biologia Celular e Molecular do CENA/USP, do Laboratório de Genética Fisiológica (ESALQ/USP) e do Laboratório de Genética de Leguminosas (IAC/APTA) proporcionará o intercâmbio entre as pesquisas com as variedades propostas neste projeto, muitas delas com grande potencial para comercialização, uma vez que provém de programa melhoramento genético de feijoeiro realizado pelo IAC/APTA, Campinas - SP.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (2) . Integrantes: Tsai Siu Mui - Coordenador / Luís Eduardo Aranha Camargo - Integrante / Carlos Alberto Labate - Integrante / Adriana P M Rodrigues - Integrante / Marcelo Carnier Dornelas - Integrante / Sérgio Augusto Moraes Carbonell - Integrante / Danielle G.G. Caldas - Integrante / João Bosco dos Santos - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1A. |
| 4. | 2009-2013. Monitoring the microbial diversity and functional activities in response to land-use changes and deforestation under soybean and sugarcane cultivations Descrição: A presente proposta deverá desenvolver ferramentas bioquímicas e moleculares para avaliar os impactos que as emissões dos gases de efeito estufa/sequestro de C devido ao uso da terra para cultivos de soja e cana-de-açúcar em três áreas localizadas em regiões de grande expansão agrícola dessas culturas, que incluem Mato Grosso (MT e MS) e São Paulo. Nossa proposta é integrar pesquisas de diferentes áreas da agronomia, química do solo e microbiologia, biologia molecular, bioinformática e geoprocessamento, em um esforço para detectar, quantificar e correlacionar os processos microbiológicos envolvidos nos processos de transformação envolvidos nos ciclos biogeoquímicos do C e N em solos sob cultivo de soja e cana-de-açúcar, tanto em áreas sob cultivo convencional como sob manejo conservacionista (plantio direto e uso de palhada), sempre em comparação com solos naturais, sem cultivo agrícola (floresta). Esta proposta recebeu apoio da FAPESP, dentro do Programa de Pesquisas sobre Mudanças Climáticas Globais (PFPMCG) para seu desenvolvimento ao longo dos próximos quatro anos (FAPESP 08/58114-3) e conta com apoio de pesquisadores do CENA/USP, FCAV/UNESP, FOP/UNICAMP (Site: http://www.fapesp.br/materia/5189). Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (3) . Integrantes: Tsai Siu Mui - Coordenador / Eliana Gertrudes Macedo Lemos - Integrante / Daniel Saito - Integrante / Lúcia Maria Carareto Alves - Integrante / Carlos Clemente Cerri - Integrante / Brigitte Josefine Feigl - Integrante / Danielle G.G. Caldas - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1A. |
| 5. | 2009-Atual. Papel da modulação oxidativa da parede celular na sensibilidade de células vegetais a pH baixo Descrição: A acidez do solo é um dos principais fatores limitantes à produção vegetal. Apesar da toxicidade por alumínio ter sido extensamente investigada, pouca atenção tem sido dada ao estresse causado pelo baixo pH em si. A suscetibilidade a pH baixo parece estar relacionada a desarranjos na parede de células em crescimento, chegando a causar o rompimento da mesma. Por outro lado, o metabolismo oxidativo e a geração de espécies reativas de oxigênio (ROS) na parede podem influenciar neste processo por romper ou criar ligações dentro ou entre cadeias de polissacarídeos, modulando assim a extensibilidade da parede celular. Em células de tabaco (Nicotiana tabacum) cv. BY-2, há um aumento acentuado na sensibilidade ao pH baixo no final da fase lag da cultura, que ocorrre entre 12 e 20 h de cultivo. A hipótese deste projeto é que células de tabaco BY-2 também podem sofrer micro-rupturas com a exposição a pH baixo e que esta suscetibilidade a pH baixo é controlada pela modulação oxidativa da parede celular. Os objetivos deste projeto são: a) Demonstrar que células de BY-2 também se rompem quando submetidas a pH baixo; b) Examinar se células conseguem se adaptar à exposição gradativa a pH baixo, sem se romperem; c) Avaliar o papel da modulação oxidativa da parede celular nas alterações de sensibilidade das células a pH baixo; d) examinar como a inibição da via secretória afeta as alterações de sensibilidade das células de BY-2 e a modulação oxidativa da parede celular.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: Victor Alexandre Vitorello - Coordenador / Joaquim Albenísio Gomes da Silveira - Integrante. Membro: Victor Alexandre Vitorello. |
| 6. | 2009-2012. Produtos naturais bioativos de cianobactérias para aplicação biotecnológica Descrição: As cianobactérias são micro-organismos fotossintéticos oxigênicos pertencentes ao domínio Bacteria com distribuição cosmopolita na Terra. Estudos preliminares realizados no Laboratório de Ecologia Molecular de Cianobactérias (CENA/USP), com espécies isoladas de regiões brasileiras, demonstraram a grande diversidade metabólica das cianobactérias para produção de cianopeptídeos sintetizados pela via não ribossômica. A biossíntese microbiana de peptídeos não-ribossômicos é catalisada por enzimas denominadas policetídeo sintase (PKS) e peptídeo sintetase não-ribossômica (NRPS), cujas seqüências gênicas são conhecidas. O objetivo desse estudo é a bioprospecção de cianopeptídeos, tendo como alvo a aplicação biotecnológica. Para isso, propõe-se detectar, purificar e identificar os metabólitos secundários produzidos pelas cianobactérias e estudar suas atividades biológicas. Será utilizada a técnica da PCR e sequenciamento para detectar e identificar genes envolvidos na biossíntese de NRPSs e PKSs, a qual indicará linhagens potencialmente produtoras de toxinas ou drogas úteis. Considerando que há poucos estudos sobre o potencial citotóxico e genotóxico dos cianopeptídeos, serão conduzidos experimentos complementares para avaliar seus possíveis efeitos biológicos, tais como ação anti-mutagênica, indução de apoptose e inibição de proteases. Os cianopeptídeos serão purificados e identificados usando-se técnicas avançadas, tais como LC-MS, Q-TOF e FTICR-MS. Cianopeptídeos ainda não descritos na literatura serão elucidados pela análise de dados espectroscópicos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (3) . Integrantes: Marli de Fátima Fiore - Coordenador / Simone Possedente de Lira - Integrante / Marcos Nogueira Eberlin - Integrante / Roberto Gomes de Souza Berlinck - Integrante / Mário Sérgio Mantovani - Integrante / Maria Estela Stenico - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1D. |
| 7. | 2009-2012. Tecnologia para produção em larga escala por cultivo in vitro de bambu gigante (Dendrocalamus giganteus Munro) e de carvão pirogênico a partir de seus subprodutos para a agricultura sustentável Descrição: Dendrocalamus giganteus Munro é uma planta perene que pertence à sub-família Bambusoideae da família Poacea, das gramíneas. É considerada a maior espécie de bambu, contribuindo para a produção de grande quantidade de biomassa vegetal que pode ser processada para desenvolver novos produtos para substituir a madeira. A sua micropropagação tem sido recomendada, uma vez que seus propágulos são mais limitados e sementes são raras devido ao seu longo ciclo de florescimento de 76 anos. Dessa forma, tomando em consideração as dificuldades da propagação convencional de bambu, a micropropagação in vitro de gemas axilares se constitue como uma boa alternativa para a multiplicação em larga escala de bambu gigante (Dendrocalamus giganteus Munro). Durante o processo de produção convencional de carvão, aproximadamente 35% do carbono é fixado na forma de carvão, 35% do carbono compõem os chamados gases condensáveis (extrato pirolenhoso), 5% sob forma de alcatrão, sendo o restante lançado à atmosfera na forma de gases não condensáveis (CO2, CO, CH4 etc). Existe hoje tecnologia adequada para recuperação de até 50% do carbono perdido na forma de gases condensáveis, sendo o produto condensado explorado comercialmente por pequenas empresas (Benites et al. 2005), além de ser uma excelente forma de seqüestro de carbono para a atmosfera, contribuindo para diminuir a emissão de gases de efeito estufa. O objetivo principal desta proposta é de estabelecer um sistema de produção em larga escala de bambu gigante (Dendrocalamus giganteus Munro) para seu uso como fonte de biomassa e de madeira para a indústria e utilizar os subprodutos para produção de carvão pirogênico parcialmente carbonizados para recuperação de solos degradados, tanto como condicionador do solo e seqüestro de carbono sob forma reativa, como veículo de nutrientes e de microrganismos que atuam como promotores de crescimento vegetal. Para tanto, propõe-se o cultivo in vitro de D. giganteus por meio de micropropagação in vitro, a. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Tsai Siu Mui - Coordenador / Adriana P M Rodrigues - Integrante / Newton Paulo da Silva Falcão - Integrante / Danielle G.G. Caldas - Integrante / José Otávio Brito - Integrante / Etelvino Henrique Novotny - Integrante / Monica Lanzoni Rossi - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1A. |
| 1. | 2008-2012. Construção de bibliotecas subtrativas de cDNA para identificar genes diferencialmente expressos em cultivares de feijão (Phaseolus vulgaris L.) tolerantes e suscetíveis ao estresse hídrico Descrição: Programa Nacional de Pós-Doutorado. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) . Integrantes: Tsai Siu Mui - Coordenador / Danielle G.G. Caldas - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1A. |
| 2. | 2008-2011. Detecção de Archaea metanogênicas, seu papel funcional e sua contribuição na estrutura das comunidades microbianas na Terra Preta Antropogênica e adjacência Descrição: Métodos moleculares podem ser aplicados em estudos de diversidade microbiana da Terra Preta Antropogênica da Amazônia, possibilitando a identificação independente de cultivo de número abrangente de espécies bacterianas, incluindo aquelas fastidiosas ou não passíveis de cultivo, as quais dificilmente seriam identificadas pelos métodos convencionais. Para um estudo mais completo, propõe-se também associar métodos convencionais de isolamento para confirmação de espécies conhecidas e identificação de novas espécies. A análise das comunidades microbianas por T-RFLP (Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism) e DGGE (Denaturing Gradient Gel Electrophoresis) pode indicar a diversidade microbiana dos solos e determinar . É um método muito sensível a mudanças na estrutura microbiana do solo, além de possuir alta capacidade de processamento disponível, permite analisar comparativamente muitas amostras sob o foco da funcionalidade sob diferentes sistemas de uso da terra, usando TPA como solo modelo. Em casa-de-vegetação, o bolsista (Nível I) deverá participar dos estudos com TPA em microcosmos para avaliar o papel das Archaea metanogênicas e das amonificantes após a introdução de uma leguminosa ou de uma gramínea. O estudo da rizosfera das plantas deverá indicar qual das plantas hospedeiras contribui melhor para a transformação do nitrogênio orgânico e correlacionar com grupos funcionais de ciclagem de nitrogênio. O cultivo e detecção de Archaea metanogênicas pelo outro bolsista (Nível II) no estudo do metano poderá indicar a ação dos microrganismos Archaea no ambiente rizosférico, que deverá ser correlacionado com a presença dos metanogênicos. A detecção de Archaea metanogênicas do solo será realizada pela técnica de PCR, usando o gene mcrA como marcador molecular, além de permitir a sua detecção quantitativa nos sítios da rizosfera e nos solos adjacentes.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Especialização: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: Tsai Siu Mui - Coordenador / Rodrigo Gouvêa Taketani - Integrante / Wenceslau G. Teixeira - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1A. |
| 3. | 2008-2010. Implementação da técnica de qRT-PCR para monitoramento de cianobactérias e microcistinas em reservatórios de água Descrição: Métodos rápidos e sensíveis para a detecção das cianobactérias e suas toxinas em estações de abastecimento de água e em programas de monitoramento de mananciais são de fundamental interesse para a prevenção dos efeitos adversos causados por estas toxinas na saúde humana e animal. Atualmente, a identificação e contagem de células de cianobactérias por microscopia ótica e análises químicas ou imunológicas das toxinas são usadas em monitoramentos. Entretanto, recentemente, métodos moleculares estão sendo desenvolvidos e propostos para o diagnóstico rápido e sensível da presença de cianobactérias tóxicas. Este projeto objetiva detectar e quantificar cianobactérias e a produção de microcistinas por suas células usando a técnica de PCR Quantitativo em Tempo Real (qRT-PCR). Para isso, serão desenvolvidos oligonucleotídeos específicos tendo como alvo a região cpcBA-IGS do operon da ficocianina e os genes mcyA, mcyD ou mcyE, os quais encontram-se envolvidos na biossíntese de microcistinas. A padronização da metodologia será feita usando cianobactérias isoladas, mantidas na coleção de culturas do CENA/USP e a especificidade dos iniciadores será verificada após análise BLAST, usando seqüências previamente depositadas em banco de dados público. Os resultados da quantificação das cianobactérias serão confirmados a partir da contagem de suas células, seguindo a técnica de contagem de Utermöhl. Posteriormente, essa metodologia será aplicada em amostras ambientais de água que serão coletadas no reservatório de Salto Grande, Americana, SP, conhecido por apresentar florações tóxicas de cianobactérias. A detecção das microcistinas será feita por meio de ELISA (Enzyme-Linked Immunosorbent Assay) e Q-TOF (Quadrupole Time-of-Flight Mass Spectrometry).. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Marli de Fátima Fiore - Coordenador / Adriana Sturion Lorenzi - Integrante / Maria Estela Silva-Stenico - Integrante / Jeanne Blanco de Molfetta Machado - Integrante / Moraes, Luiz Alberto Beraldo - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1D. |
| 4. | 2008-2012. Manejo sustentável, conservação da biodiversidade e produção agrícola em solos tropicais degradados: uma cooperação acadêmico-científica entre os programas de PG do CENA/USP-SP, UFMT-MT e INPA-AM Descrição: Este projeto tem como proposta, desenvolver estudos dos processos microbiológicos e bioquímicos envolvidos na ciclagem dos nutrientes nos solos tropicais, tendo como modelo a Terra Preta Antropogênica, e doentendimento das ações antropogênicas que minimizam o efeito dos fatores ambientais e bióticos. A determinação, por exemplo, da ação do carvão pirogênico utilizado pelo ameríndio para produção agrícola seria um aspecto importante nestes estudos. Essas ações, ainda não totalmente elucidadas, poderiam ser essenciais tanto para a definição de estratégias para preservação de biomassa vegetal quanto para o desenvolvimento de indicadores das alterações ambientais associadas a distúrbios, como a presença de poluentes ou a utilização não sustentável de solos agrícolas. Além disso, o conhecimento dos recursos genéticos da vegetação local e da microbiota dos solos pode contribuir para o entendimento e monitoramento de fatores abióticos e bióticos que influenciam a sustentabilidade da produção agrícola nesses ambientes. Ao mesmo tempo, estudos visando ao desenvolvimento agrícola nessas regiões (AM e MT), através da geração de tecnologia que permita o uso sustentado desses solos tropicais para fins agrícolas, deverá também proporcionar diretrizes para a condução adequada da produção agrícola sob as limitações prevalentes das regiões. Assim, essa proposta tem como objetivo enfocar o solo como componente do sistema de produção e da sociedade, manejando-o de forma integrada e harmônica com os demais fatores de produção. As pesquisas são realizadas predominantemente em solos tropicais ácidos da Amazônia (terra firme e várzea) e do cerrado (MT), desenvolvendo-se trabalhos nas áreas de microbiologia, bioquímica, fertilidade dos solos e nutrição de plantas, de forma a permitir um melhor planejamento e aptidão agrícola das terras, sob cultivo de culturas anuais e bianuais, e sob os sistemas agro-florestais. As atividades de cooperação científica serão através de treinamento formal de. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: Marli de Fátima Fiore - Integrante / Siu Mui Tsai - Coordenador / Marisa de Cassia Piccolo - Integrante / Takashi Muraoka - Integrante / Luiz Antonio de Oliveira - Integrante / Walcilene Scaramuzza - Integrante / Maria de Fátima Loureiro - Integrante / Charles Roland Clement - Integrante / Newton Paulo de Souza Falcão - Integrante / Sâmia Lúcia Camargos - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1D. |
| 1. | 2007-2009. Cianobactérias e cianotoxinas: um estudo para a melhoria do seu monitoramento e uso biotecnológico Descrição: São os seguintes os objetivos do presente projeto: a)Estudo químicos das cianotoxinas de cepas selecionadas. c) Estudos toxicológicos das cepas de cianobactérias. d) Identificação morfológica e molecular de cepas tóxicas de cianobactérias. e) Determinação das melhores condições de cultivo de cepas tóxicas, para fins biotecnológicos. f) Produção de padrões de cianotoxinas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Marli de Fátima Fiore - Integrante / Célia Leite Sant'Anna - Coordenador / Maria Teresa de Paiva Azevedo - Integrante / Maria Estela Silva Stenico - Integrante / Luciana Retz de Carvalho - Integrante / Fernanda Calheta Vieira Portaro - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1D. |
| 2. | 2007-2009. Cianobactérias: diversidade em manguezais e a biossíntese de produtos naturais Descrição: RESUMO. Este projeto de pesquisa tem como objetivo isolar e caracterizar molecularmente linhagens de cianobactérias de regiões de manguezais por meio do sequenciamento do gene de RNAr 16S, o qual tem sido utilizado para diferenciar geneticamente os microrganismos pertencentes ao domínio Bacteria. As seqüências obtidas serão comparadas pela análise BLAST (NCBI) e a distância evolutiva entre os nucleotídeos das linhagens sequenciadas serão analisadas por meio da construção de árvore filogenética. Por meio da amplificação por PCR de seqüências gênicas das enzimas sintetase de peptídeo não-ribossômico (NRPS) e sintase de policetídeo (PKS) espera-se identificar entre as linhagens caracterizadas molecularmente àquelas potencialmente produtoras de compostos naturais bioquimicamente ativos (cianopeptídeos). Essas enzimas são conhecidas por estarem envolvidas na biossíntese de toxinas e antibióticos. A detecção desses genes de peptídeos não ribossômicos será realizada utilizando oligonucleotídeos iniciadores degenerados tendo como alvo seqüências conservadas das enzimas NRPS e PKS. Os produtos de PCR obtidos para essas enzimas deverão ser sequenciados. Essas seqüências também serão comparadas pela análise BLAST e suas relações evolutivas verificadas pela construção de árvore filogenética. Os cianopeptídeos produzidos pelas linhagens que apresentarem genes de NRPS e PKS serão extraídos utilizando vários solventes. Os constituintes químicos dos extratos celulares obtidos serão analisados por Q-TOF-MS (Quadrupole Time-of-Flight Mass Spectrometry) e HPLC (High Performance Liquid Chromatography). A atividade inibitória desses compostos químicos será testada contra bactérias e fungos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (2) . Integrantes: Marli de Fátima Fiore - Coordenador / Augusto Etchegaray - Integrante / Luiz Alberto Beraldo de Moraes - Integrante / Maria Estela Silva-Stenico - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 1 Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1D. |
| 3. | 2007-2009. PROANTAR-International Polar Year -Microbiological and Ecological Responses to Global Environmental Changes in Polar Regions Descrição: Estudar a microbiota da Região da Antártica marinha e em alguns casos do continente, com vistas a ampliar o conhecimento sobre a diversidade microbiana endêmica e sua biogeografia para: - estabelecer novos grupos de procariontes e eucariontes de regiões polares / ambientes extremos; - propor modelos e processos ecológicos temporais mediados por procariontes e relacionados ou não a impactos ambientais; - analisar grupos procariontes (diversidade funcional) responsáveis por mecanismos de transformação de compostos; - caracterizar grupos procariontes com estreita interação simbiôntica com organismos superiores; - caracterizar novos grupos de vírus relacionados com organismos superiores de importância Zoonótica; -identificar grupos procariontes e eucariontes com potencial valor para inovação de processos em Biotecnologia e Bioprospeção. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (1) . Integrantes: Marli de Fátima Fiore - Integrante / Itamar Soares de Mello - Integrante / Alexandre Soares Rosado - Integrante / Vivian Helena Pellizari - Coordenador / Valéria Maia de Oliveira - Integrante / Lara Duran Sette - Integrante / Leandro Helgueira de Andrade - Integrante / Luiz Henrique Rosa - Integrante / Ulysses Garcia Casado Lins - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1D. |
| 1. | 2006-2008. Atividade metabólica, diversidade bacteriana da Terra Preta de Índio da Amazônia Central e determinação de compostos naturais produzidos por actinobactérias Descrição: A elaboração de uma prospecção da caracterização bioquímica e da diversidade microbiana dos solos TPI é de suma importância para o conhecimento da extensão da diversidade deste bioma tropical e para a sustentabilidade da agricultura. Este projeto propõe efetuar análise da diversidade microbiana de solos TPIs através de atividades bioquímicas associadas com a presença dos microrganismos, determinar a estrutura dessas comunidades através da técnica de t-RFLP (Terminal Restriction Length Polymorphism) e desenvolver estudos com actinobactérias isoladas da Amazônia para identificação de peptídeos de origem não-ribossomal, que podem ser detectados intra ou extracelularmente em condições in vitro ou in vivo. As actinobactérias são consideradas as maiores produtoras de metabólitos secundários bioativos, tais como os antibióticos ou citostáticos. Devido à resistência a muito dos antibióticos pelas bactérias patogênicas, torna-se necessária a busca por novos produtos naturais, os quais são requeridos para o desenvolvimento de novos compostos farmacêuticos. Quimioensaios serão realizados para a busca de possíveis novos peptídeos. A extração e purificação serão realizadas por cromatografia líquida. Os peptídeos serão investigados quanto a sua capacidade quelante. Entre as enzimas envolvidas na biossíntese de metabólitos secundários encontram-se as sintases de policetônicos (PKSs) e as sintetases de peptídeos não-ribossômicos (NRPSs), cujas seqüências gênicas são conhecidas. A identificação das espécies que apresentam essas enzimas permitirá futuramente isolar o composto produzido e permitirá sua caracterização estrutural.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (1) . Integrantes: Tsai Siu Mui - Coordenador / Brendan O´Neill - Integrante / Wenceslau G. Teixeira - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1A. |
| 2. | 2006-2009. Bioprospecção de genes associados à catálise e degradação enzimática de hidrocarbonetos policíclicos aromáticos por bactérias e por análise metagenômica em Terra Preta de Índio da Amazônia Descrição: A caracterização de genes envolvidos na síntese de enzimas degradadoras de poluentes e xenobióticos, juntamente com estudos sobre a diversidade genética destas estirpes, poderão disponibilizar informações importantes sobre o comportamento destes microrganismos em condições ambientais extremas, bem como prover informação sobre a síntese de genes envolvidos em vias degradadoras para estudos de bioprospecção gênica, visando a busca por novas atividades catalíticas para fins químicos e biotecnológicos, refletindo o ilimitado poder da bioquímica microbiana em solos tropicais. Propõe-se em uma primeira etapa, a avaliação de isolados (em torno de 100) de Pseudomonas e Burkholderia provenientes de solos TPI e adjacência quanto à presença do gene nahAc e, através de bioensaios usando estirpes referências, determinar o seu potencial de degradação in vitro. Em paralelo, estudos sobre a biodiversidade genética desses isolados serão desenvolvidos através da técnica de Automated Ribossomal Intergenic Spacer Analysis (ARISA) para determinação das relações filogenéticas entre esses isolados e para estudos bioquímicos posteriores. Em uma segunda etapa, será prospectado o operon nahAc na já construída biblioteca metagenômica de solo TPI, sob coordenação do Prof. Spartaco Astolfi-Filho, da Universidade Federal do Amazonas (UFAM-Manaus, AM) e em colaboração com o CENA-USP, Piracicaba (SP), apoio CNPq Proc. 553351/2005-2 "Metagenoma de Microrganismos de Ambientes Naturais da Amazônia". A diversidade funcional do processo de transformação de naftaleno que será avaliada através do sequenciamento de clones contendo o gene nahAc. Desta maneira, poderemos avaliar se as seqüências obtidas em solo TPI se assemelham àquelas encontradas nos demais ambientes estudados. Esse mesmo gene será usado para a quantificação por qPCR (PCR em tempo real ou PCR-quantitativo), para assim avaliarmos se a relação entre o número de cópias desse gene provenientes de Bacteria é a mesma encontrada em solos de clim. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (2) . Integrantes: Tsai Siu Mui - Coordenador / Spartaco Astolfi-Filho - Integrante / Newton Paulo da Silva Falcão - Integrante / Wenceslau G. Teixeira - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1A. |
| 3. | 2006-2008. Caracterização molecular de cianobactérias brasileiras e seleção de linhagens produtoras de peptídeos não ribossômicos Descrição: Este projeto de pesquisa tem como objetivo caracterizar molecularmente linhagens de cianobactérias isoladas de regiões brasileiras por meio do sequenciamento de uma região do operon da ficocianina a qual tem sido utilizada para diferenciar esses organismos ao nível de linhagens. As seqüências obtidas serão comparadas pela análise BLAST (NCBI) e a distância evolutiva entre as linhagens sequenciadas serão analisadas por meio da construção de árvore filogenética. No mínimo 50 linhagens de cianobactérias deverão ser caracterizadas. Por meio da amplificação por PCR de seqüências gênicas das enzimas sintetase de peptídeo não-ribossômico (NRPS), sintase de policetônico (PKS) e sistemas híbridos de NRPS/PKS espera-se identificar entre as linhagens caracterizadas molecularmente àquelas potencialmente produtoras de compostos naturais bioquimicamente ativos. Essas enzimas são conhecidas por estarem envolvidas na biossíntese de toxinas e antibióticos. A detecção desses genes de peptídeos não ribossômicos será realizada utilizando oligonucleotídeos iniciadores degenerados tendo como alvo seqüências conservadas das enzimas NRPS, PKS e híbridos NRPS/PKS. Os produtos de PCR obtidos para essas enzimas deverão ser sequenciados. Essas seqüências também serão comparadas pela análise BLAST e suas relações evolutivas verificadas pela construção de árvore filogenética. Metabólitos produzidos pelas linhagens que apresentarem genes dessas enzimas serão extraídos utilizando vários solventes. Os constituintes químicos dos extratos celulares obtidos serão analisados por TLC (Thin Layer Chromatography), HPLC (High Performance Liquid Chromatography) e Q-TOF-MS (Quadrupole Time-of-Flight Mass Spectrometry). A atividade inibitória desses compostos químicos será testada contra bactérias e fungos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Marli de Fátima Fiore - Coordenador / Augusto Etchegaray Júnior - Integrante / Luiz Alberto Beraldo de Moraes - Integrante / Maria Estela Silva Stenico - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1D. |
| 4. | 2006-2010. Diversidade e atividades funcionais de microrganismos de manguezais Descrição: Este projeto propõe avaliar a biodiversidade e composição de comunidades de bactérias, arquéias, fungos e cianobactérias de sedimentos e da rizosfera de manguezais da costa oceânica do Estado de São Paulo. A biodiversidade de grupos funcionais desses organismos envolvidos na fixação de nitrogênio, solubilização de fosfatos, degradação de lignocelulose, produção de antibióticos e toxinas serão também avaliados.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (3) . Integrantes: Marli de Fátima Fiore - Integrante / Itamar Soares de Melo - Coordenador / Luiz Alberto Beraldo de Moraes - Integrante / Rosana Filomena Vazoller - Integrante / João Lúcio de Azevedo - Integrante / Célia Maria M de Souza Silva - Integrante / Ricardo Harakava - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1D. |
| 1. | 2004-2008. Nanotecnologia: fabricação de nanoestruturas e estruturas supramoleculares em meio líquido. Observação das estruturas formadas e investigação dos processos de formação de nanoestruturas Descrição: Este projeto propõe a fabricação e o estudo da estrutura e das forças envolvidas nos processos de auto-organização de estruturas supramoleculares e nanoestruturas em meio líquido, por microscopia de força atômica (AFM-atomic force microscope) e microscopia de varredura ótica de campo-próximo (NSOM-near-field scanning optical microscope). Pretende-se, ao final deste estudo, obter uma melhor compreeensão dos fenômenos físicos envolvidos nos processos de auto-organização de nanoestruturas e das possibilidades de aplicações destes sistemas. Serão investigadas as seguintes áreas: a) processos de auto-organização de fosfolipídeos em estruturas de bi-camadas e em membranas sintéticas (lipossomas) e os processos de reconhecimento molecular de membranas naturais e, também, b) processos de auto-organização na biomineralização induzida por fragmentos de DNA. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (6) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Marli de Fátima Fiore - Integrante / Omar Teschke - Coordenador / Maurício Urban Kleinke - Integrante / David Mendes Soarez - Integrante / Elizabeth Fátima de Souza - Integrante / Augusto Etchegaray Júnior - Integrante / Tomas Alberto Prolla - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1D. |
| 2. | 2004-2010. Silício e sua contribuição para o desenvolvimento vegetal e aumento de resistência a doenças em soja, feijoeiro e café Descrição: Os estudos realizados com o Si evidenciam a sua importância na ativação de genes que promovem a produção de enzimas relacionadas com os mecanismos de defesa da planta. Além disso, vários trabalhos demonstram incrementos significativos da taxa fotossintética, melhoria da arquitetura foliar e de outros processos no metabolismo vegetal, tendo como resultado final um aumento e maior qualidade na produção. Portanto, o Si tem alto potencial para ser utilizado extensivamente na agricultura, tanto convencional como orgânica. Este projeto propõe estudar a resistência sistêmica induzida em três culturas através silício, quando em presença de fungos patogênicos. Os estudos serão realizados em condições controladas, sendo avaliados três modelos de interação planta-fungo patogênico: a) soja - Diaporthe phaseorum f. meridionalis (cancro da haste); b) feijoeiro - Sclerotinia sclerotiorum (mofo branco) e c) café pelo fungo Hemileia vastatrix (ferrugem).. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Doutorado: (2) . Integrantes: Tsai Siu Mui - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1A. |
| 1. | 2002-2005. Análise da diversidade de cianobactérias de reservatório de água através de eletroforese em gel com gradiente desnaturante Descrição: O presenteprojeto tem como objetivo conhecer a diversidade de cianobactérias na represa Billings, São Paulo e detectar a presença de espécies produtoras da toxina microcistina utilizando técnicas moleculares. Sequências de regiões dos genes rRNA 16S e mycA (gene da microcistina) específicas de cianobactérias serão utilizadas como marcadores moleculares. Essas sequências serão obtidas através da extração de DNA das amostras ambientais das águas coletadas em diferentes locais da represa e da amplificação por PCR da região desses genes usando oligonucleotídeos iniciadores específicos. As análises dos produtos de PCR usando a técnica da eletroforese em gel com gradiente desnaturante (DGGE) permitirá separar as diferentes bandas obtida, as quais representam as linhagens presentes no reservatório e também as diferentes isoformas do gene de microcistina. O sequenciamento das bandas obtidas na DGGE permitirá identificar as espécies e as isoformas do gene da microcistina presentes no reservatório. A análise filogenética das sequências obtidas será efetudada usando análises computacionais.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Especialização: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Marli de Fátima Fiore - Coordenador / Adriana Sturion Lorenzi - Integrante / Brett A Neilan - Integrante / Márcio L Lambais - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 2 Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1D. |
| 1. | 2001-2004. Expressão do gene da metalotioneina de Synechococcus PCC7942 e análise estrutural da proteína Descrição: O presente projeto tem como objetivo determinar a estrutura tridimensional da MT da cianobactéria Synechococcus PCC7942, assim como suas propriedades dinâmicas quanto a ligação e liberação de metais. Além da estrutura da MT de Synechococcus PCC7942, será possível explorar seu processo de enovelamento, uma vez que a adição de metal causa o enovelamento espontâneo à estrutura nativa. Para se obter a quantidade necessária de MT para realizar esse estudo estrutural, o gene smtA será expresso heterologamente. Após o isolamento, clonagem e sequenciamento do gene smtA, este será inserido num vetor de expressão em Escherichia coli. A MT de Synechococcus recombinante obtida será purificada e a caracterização estrutural dessa proteína será realizada através da ressonãncia magnética nuclear (RMN) e cristalografia.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Marli de Fátima Fiore - Coordenador / Hung Lee - Integrante / Jack T Trevors - Integrante / Alberto Spisni - Integrante / Thelma de Aguiar Pertinhez - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 1 Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1D. |
| 2. | 2001-2004. Um sistema para estudar mudanças na sensibilidade de células cultivadas de Nicotiana tabacum cv BY-2 a acidez e a alumínio Descrição: 00/10109-0 Auxílio Pesquisa - Regular. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (3) . Integrantes: Victor Alexandre Vitorello - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 1 Membro: Victor Alexandre Vitorello. |
| 1. | 2000-2006. AEG - Agricultural and Environmental Genomes Descrição: Sequenciamento de Genomas Bacterianos e de Plantas (ESTs). Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) . Integrantes: Tsai Siu Mui - Coordenador / Marília Caixeta Franco - Integrante / Flávia Theresa Hansem Pacheco - Integrante / José Elias Gomes - Integrante / Augusto Etchegaray Júnior - Integrante / Maria Estela Silva-Stenico - Integrante / David H. Moon - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1A. |
| 2. | 2000-2004. Manipulação do teor de fitato em explantes de fruto de feijoeiro (Phaseolus vulgaris) visando elucidar a regulação de sua síntese Descrição: processo 99/12971-1 Auxílio Pesquisa - Regular. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Victor Alexandre Vitorello - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 4 Membro: Victor Alexandre Vitorello. |
Data de processamento: 30/01/2023 11:05:05